[发明专利]一套适用于鉴定高粱品种及纯度的SNP位点及其应用

权利要求书

1.本发明筛选出的高粱基因组中的5个SNP位点，其特征在于，可在如下应用中使用：

高粱品种基因分型；

构建高粱SNP位点指纹数据库；

高粱样品纯度定量鉴定；

高粱样品混杂品种定性鉴定；

所述5个SNP位点如下：

SNP位点1为G01位点，具体所在序列如下：

AAGAATTCTATCTCTCACCTGCAGT[C/T]CATCAGCCTGTGAGAGATGCTGGAG；

SNP位点2为G02位点，具体所在序列如下：

GGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTT[C/T]GGTTCCTATCTACCGTTGGTGTTAA；

SNP位点3为G03位点，具体所在序列如下：

AAGTAAGGTATATTTATATATAGCC[A/G]TGGTTTGTAATACACAAGCCGACCC；

SNP位点4为G04位点，具体所在序列如下:

CCGCCTTGCATTGACTTGAGACTGC[A/G]TCAACAAGCTATGGAGAGAGAAGGA；

SNP位点5为G05位点，具体所在序列如下：

CAATCAGAGCCATAGCCACATCAGC[A/C]GACTACAGAGCTATACGCGCTGCCT。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，鉴定高粱品种及纯度的5个SNP位点所使用的5组引物如下：

(1)用于检测高粱基因组SNP位点G01的引物组1为：

上游引物1(5’-3’)：AAGAATTCTATCTCTCACCTGCAGTC；

上游引物2(5’-3’)：AAGAATTCTATCTCTCACCTGCAGTT；

下游引物(5’-3’)：CTCCAGCATCTCTCACAGGCTGATG；

(2)用于检测高粱基因组SNP位点2的引物组2为：

上游引物1(5’-3’)：GGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTC；

上游引物2(5’-3’)：GGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTT；

下游引物(5’-3’)：TTAACACCAACGGTAGATAGGAACC；

(3)用于检测高粱基因组SNP位点3的引物组3为：

上游引物1(5’-3’)：AAGTAAGGTATATTTATATATAGCCA；

上游引物2(5’-3’)：AAGTAAGGTATATTTATATATAGCCG；

下游引物(5’-3’)：GGGTCGGCTTGTGTATTACAAACCA；

(4)用于检测高粱基因组SNP位点4的引物组4为：

上游引物1(5’-3’)：CCGCCTTGCATTGACTTGAGACTGCA；

上游引物2(5’-3’)：CCGCCTTGCATTGACTTGAGACTGCG；

下游引物(5’-3’)：TCCTTCTCTCTCCATAGCTTGTTGA；

(5)用于检测高粱基因组SNP位点5的引物组5为：

上游引物1(5’-3’)：CAATCAGAGCCATAGCCACATCAGCA；

上游引物2(5’-3’)：CAATCAGAGCCATAGCCACATCAGCC；

下游引物(5’-3’)：AGGCAGCGCGTATAGCTCTG。

3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，筛选出的5个高粱SNP位点鉴定高粱品种及纯度时所使用的PCR试剂为：

PCR试剂组1包括：引物组1及通用PCR试剂；

PCR试剂组2包括：引物组2及通用PCR试剂；

PCR试剂组3包括：引物组3及通用PCR试剂；

PCR试剂组4包括：引物组4及通用PCR试剂；

PCR试剂组5包括：引物组5及通用PCR试剂。

4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，利用5个SNP位点信息对高粱品种进行基因分型，构建高粱SNP指纹数据库。

5.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，使用5个SNP位点对高粱样品进行定性定量检测的步骤包括：通过对高粱样品进行DNA提取后，使用PCR试剂组及相应的PCR条件在实时定量PCR仪上进行PCR，之后通过比较荧光强度判断分型鉴定结果。