[发明专利]SLC26A4基因捕获探针及其在SLC26A4基因突变检测中的应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域中，SLC26A4基因捕获探针及其在SLC26A4基因突变检测中的应用。

背景技术

大前庭水管综合征是儿童、青少年中较为常见的一种耳聋性疾病，可表现为先天性或后天性感音神经性聋。近年来的多项研究表明，大前庭水管综合征与SLC26A4基因的突变关系密切。SLC26A4基因含21个外显子，除21号外显子外，其他外显子长度约为55-231bp；开放阅读框架2343bp，起始于2号外显子；编码780个氨基酸的蛋白质Pendrin。据不完全统计，在各种SLC26A4基因相关疾病中已检测到碱基替换、碱基缺失、移码突变3种方式的30多个基因突变位点。

目前，用于大前庭水管综合征基因诊断的方法主要包括芯片法、荧光探针法、ARMS-PCR法和测序法。其中，荧光探针法和ARMS-PCR法虽然成本低、不需特殊设备，但其操作繁琐、易造成实验室污染；芯片法成本高、需要基因芯片检测的相关设备又易造成实验室污染；而测序法在能检测SLC26A4多种突变类型的同时，还能确定基因突变的精确点与片段大小。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何检测SLC26A4基因全基因的突变。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了SLC26A4基因捕获探针。所用SLC26A4基因的序列为人类参考基因组版本Hg19(更新日期为2015年8月6日)的chr7:107301080-107358252。

本发明提供的SLC26A4基因捕获探针按照捕获探针的制备方法制备，所述捕获探针的制备方法包括：制备N个亚探针，连接所述N个亚探针，得到SLC26A4基因捕获探针；N为大于等于2的一个自然数；

所述N个亚探针满足所述N个亚探针能覆盖所述SLC26A4基因的全部序列。

上述SLC26A4基因捕获探针中，在所述SLC26A4基因上任何两个相邻的亚探针均可满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。在所述SLC26A4基因上任何两个相邻的亚探针具体均可满足上游亚探针的下游有3个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。

上述SLC26A4基因捕获探针中，所述N个亚探针的长度均可为50-150bp。所述N个亚探针的长度具体均可为108bp。所述N个亚探针可为545个亚探针。

上述SLC26A4基因捕获探针中，所述N个亚探针的序列均可满足：

第1条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第1-108位；

第2条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第106-213位；

第3条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第211-318位；

……

第n条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第【105(n-1)+1】-【105(n-1)+108】位；

……

第543条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第56911-57018位；

第544条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第57016-57123位；

第545条单链亚探针的序列为SLC26A4基因的第57065-57172位；

其中，n为1-544中的任一个自然数。

上述SLC26A4基因捕获探针中，所述连接所述N个亚探针可包括下述A1)和A2)：

A1)连接所述N个亚探针，得到长链DNA和/或环状DNA；

A2)将所述长链DNA和/或所述环状DNA进行扩增，得到所述SLC26A4基因捕获探针。

所述制备方法在连接所述N个亚探针前还可包括对所述N个亚探针进行磷酸化修饰。

对所述N个亚探针进行磷酸化修饰具体可为在所述N个亚探针的5′端进行磷酸化修饰。所述磷酸化修饰可利用T4多聚核苷酸激酶或NEB的T4多聚核苷酸激酶试剂盒进行。利用NEB的T4多聚核苷酸激酶试剂盒进行所述磷酸化修饰的反应体系可为：所述N个亚探针10μl、10×反应缓冲液5μl、10mM ATP 5μl、T4多聚核苷酸激酶2.5μl和H₂0 27.5μl。所述反应体系中所述N个亚探针的浓度可为5ng/μl。所述反应体系中10×反应缓冲液、ATP和T4多聚核苷酸激酶均为NEB的T4多聚核苷酸激酶试剂盒中试剂。所述磷酸化修饰的反应条件可为37℃30min。