[发明专利]基于苏丹草转录组序列开发的SSR核心引物组及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及SSR引物组领域，具体涉及一种基于苏丹草转录组序列开发的SSR核心引物组及其应用。

背景技术

苏丹草(Sorghum sudanense(Piper)Stapf.)是禾本科高粱属一年生草本植物。其根系发达入土深，可达2.5米。茎直立，呈圆柱状，高2～3米。分蘖力强，侧枝多，一般1株15～25个，最多40～100个。叶7～8片，宽线形，色深绿，表面光滑；叶鞘稍长，全包茎，无叶耳。圆锥花序，为两性花，能结实；一有柄，为雄性花，不结实。结实小穗颖厚有光泽。颖果扁卵形，种子颜色依品种不同有黄、紫、黑之。广泛分布于温带和亚热带。中国南至海南岛，北至内蒙古均能栽培。

尽管苏丹草具有重要的生态和经济效益，但其种质资源研究工作仍较为薄弱，尤其分子水平研究较少。虽有分子标记如AFLP、ISSR、SRAP、SSR、EST-SSR和SCoT等运用于苏丹草研究中，但它们大多采用运用于其他物种上的通用引物，而有关苏丹草特异引物却尚无报道。目前苏丹草属植物在自然条件下和人为条件下种内种间反复杂交频繁，且育种的亲本利用也相对较为集中，品种间的形态学差异越来越小，造成苏丹草属优良草种的形态鉴定难度加大。虽然近年来相关学者致力研究苏丹草繁殖生态特性，但进程缓慢。而随着基因组工程的发展，分子遗传评价已成为牧草研究的热点问题，苏丹草也不例外，因此，丰富苏丹草基因组资源已成为当务之急。

简单重复序列(SSR，Simple Sequence Repeat)又称为微卫星DNA，是分子标记辅助育种首选标记之一。其以2-6个核苷酸为基本单位的串联重复序列组成的DNA片段，长度大多为100-200个碱基对，具有分布广泛，多态性丰富，重复性好，共显性遗传，物种间转移性好等特点，已被广泛应用于品种鉴定，种质资源保存和利用、遗传多态性分析、分子标记辅助选育等研究领域。SSR虽是以测序技术为基础的分子标记，但随着目前二代测序的越来越普遍以及三代测序的新起，其开发费用的逐渐降低，加速了它在物种上的开发利用。其中EST-SSR是基于EST序列或cDNA数据开发的一种SSR分子标记。而转录组数据正是开发EST-SSR标记的理想资源，并基于转录组的EST-SSR标记除具有一般分子标记的特点外，还有其特殊优势。第一，信息量大。如果发现一个基因标记与某一性状连锁，那么该转录本就可能与控制此性状的基因相关。第二，通用性好。由于转录本保守性较高，故具有较好的通用性，在亲缘物种之间校正连锁图谱和比较作图方面有很高的利用价值。迄今，未见转录组测序技术运用于苏丹草植物中，也没有苏丹草某物种关于EST-SSR分子标记开发应用的报道。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种基于苏丹草转录组序列开发的SSR核心引物组。

本发明解决其技术问题所采用的技术方案为：该基于苏丹草转录组序列开发的SSR核心引物组，所述引物组包括23对引物，其核苷酸序列如序列表SEQUENCE ID NO.1～46所示。

本发明还提供了上述基于苏丹草转录组序列开发的SSR核心引物组在苏丹草遗传多态性分析中以及在苏丹草种质遗传系谱分析中的应用。

本发明还提供了一种上述基于苏丹草转录组序列开发的SSR核心引物组进行苏丹草遗传多态性分析、苏丹草种质遗传系谱分析的方法，包括如下步骤：

A、提取待测苏丹草样品基因组DNA；

B、以步骤A提取的待测样品DNA为模板，利用序列表SEQUENCE ID NO.1～46所示引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

C、将步骤B得到的PCR扩增产物采用凝胶电泳检测，并对多态性条带进行统计；

D、利用步骤C的统计结果进行苏丹草遗传多态性分析、苏丹草种质遗传系谱分析。

进一步的是，在步骤B中，所述PCR扩增反应优化体系总体积为15μL，其中包括1.5μL浓度为20ng/μL的模板DNA，7.5μL的2X Reaction Mix，0.3μL的Golden DNA Polymerase，0.6μL浓度为10pmol/μL的正向引物，0.6μL浓度为10pmol/μL的反向引物，余量为ddH₂O。

进一步的是，在步骤B中，所述PCR扩增程序为：94℃预变性4min；然后94℃变性4min，55-60℃退火40s，72℃延伸1min，共35个循环；最后72℃延伸10min，于4℃保存。