[发明专利]一种与母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法和应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与母猪产仔性状相关的SNP标记及其检测方法和应用。

背景技术

猪产仔数是重要的经济性状，产仔数的提高将会大大地增加商品猪肉的供应量，给现代养猪生产带来巨大的经济效益。随着我国经济持续快速的发展，人们生活水平逐渐提高，对猪肉的需求量也越来越大。2014年12月底我国能繁母猪存栏数约4300万头，如果母猪平均每胎多产仔1头，按每年每头母猪产2胎计算，则每年可为整个行业多提供约9000万头猪。因此，人们也越来越关注如何提高猪的产仔数性能。然而，产仔数为复杂多基因控制的经济性状，遗传力低，通过传统的选育方法提高猪产仔数收效甚微，所以开发和利用新的分子选育标记来提高猪的繁殖性能倍受重视。

二花脸是我国太湖流域产仔性能非常优秀的国家级畜禽遗传资源保护品种，有着“世界猪种产仔之王”的美誉，也是我国养猪业可持续发展的重要资源。根据发明人所在单位对二花脸猪群最大基地“焦溪二花脸猪专业合作社”内177头二花脸约1000窝产仔数据分析来看，二花脸群体内产仔性能已出现显著分离，尤其是初产总产仔数和产活仔数变异系数分别达到22.14%和26.97%；经产也分别为19.87%和22.14%。然而目前导致二花脸猪品种内产仔数变异的遗传机理尚不清楚。多年以来虽然国内已有大量的研究机构利用二花脸来鉴别二花脸猪种高繁殖力的遗传机理，但限于研究方法、手段、材料及繁殖性状本身复杂性等众多因素的制约，二花脸猪种高繁殖力遗传机制并没有得到充分的揭示和有效的利用。

苏淮猪是在新淮猪的基础上再用大白猪杂交，通过横交、多世代选育而成。含新淮猪血统50%、大白猪血统50%。从1998年开始至2010年，历经12年的科研攻关培育而成的新品种。由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会共同培育而成。对于一个培育的新品种来说，品种内产仔数变异的遗传机理尚不清楚，因此鉴别苏淮猪群体内影响产仔性状的候选基因，从而利用遗传标记来提高群体的生产性能是十分有效的手段。

随着梅山猪出口到国外，其高繁殖力优势基因被国外许多机构进行了系统科学的研究和有效利用，提高了其瘦肉型猪种的繁殖力，近年来从法国和丹麦引进的猪种普遍繁殖力很高，我们地方猪高产优势逐渐被削弱，这是一个严重威胁，是国人不得不面对并亟需寻求对策的现实。鉴别和分离尚未被出口的二花脸猪种的高产优势基因，培育性能相对稳定的高产群体、巩固太湖流域这些地方猪种的高产优势已刻不容缓。

从国际猪QTL数据库网站（http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index）可知，目前在猪所有的常染色体及性染色体上都定位到影响总产仔数的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10-20cM，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术不足，产仔数的低遗传力，提供与母猪窝产活仔数相关的SNP标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物和检测方法。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

一种与苏淮母猪产仔性状相关的SNP标记，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列9号染色体上g. 95537674核苷酸位点，且其为G/T突变，所述SNP标记与苏淮母猪窝产总仔数极显著相关。g. 95537674位点具有TT基因型的苏淮个体母猪窝产活仔数显著高于具有GG基因型的二花脸个体母猪窝产活仔数。

一种基于所述的SNP开发分子标记的方法，以含有所述的SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮母猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使所述的SNP标记转化为分子标记。

所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3；所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第255位，存在G/T多态性。

按照上述方法得到的分子标记。

所述的分子标记优选序列如SEQ ID NO：1所示，所述的SNP位点位于第255位，存在G/T多态性。

一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。

一种检测本发明所述的SNP标记的方法，包含PCR扩增苏淮母猪基因组中含有所述的SNP标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的G/T多态。