[发明专利]一种河川沙塘鳢生长性状相关基因的SNP分子标记及其扩增引物与应用

说明书

本发明公开了一种河川沙塘鳢生长性状相关基因的SNP分子标记及其扩增引物与应用。所述SNP分子标记来自IGF‑1R基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:1上第1392位碱基为A或G，所述引物为SEQ ID NO：2‑3。通过对河川沙塘鳢基因组DNA提取，PCR扩增，扩增产物测序，以及基于测序结果确定所述待测河川沙塘鳢的SNP位点位于IGF‑1R基因外显子区域的基因型，利用SPSS 19.0软件进行数据处理，GLM程序分析碱基变异信息为SNPg.1392 AG与河川沙塘鳢的生长性状显著相关。本发明实现短时间、低成本、高准确性地选育河川沙塘鳢优良品种。

技术领域

本发明属于水产生物技术领域，涉及一种河川沙塘鳢生长性状相关基因的SNP分子标记及其扩增引物与应用。

背景技术

河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)属鲈形目(Perciformes)，沙塘鳢科(Odontobutidae)，沙塘鳢属(Odontobutis)，俗称：虎头鲨、虎头呆子等。在我国广泛分布于长江中下游、钱塘江、闽江等水系，属中国特有种。该鱼肉质鲜美细嫩，市场价格坚挺，已成为一种具有较高经济价值的水产养殖品种。目前全国已零星开展了河川沙塘鳢的混养和套养，但产量还远不能满足市场的消费需求。在生产的过程中苗种出现生长速度慢、抗病能力弱、病害增加等种质退化现象。良种问题已成为制约河川沙塘鳢养殖业稳定发展的主要“瓶颈”之一。因此，培育出具有生长快、产量高等优良生长性状的河川沙塘鳢新品种，是保障其养殖业可持续发展的必要条件。

伴随着分子生物学的发展，单核苷酸多态性(SNP)作为新一代分子标记已经在育种领域得到认可，目前在鱼类中，关于生长、抗病等相关的SNP分子标记有较多报道，而这些SNP位点较少应用在分子标记的辅助育种，对应到生长相关基因(如IGF-1R)联合SNP位点进行分子辅助育种应用的报道更少。IGF-1R基因是生长轴上的关键基因，与IGF-1结合能引起酪氨酸残基自身磷酸化，有激活细胞内信号传导通路(MAPK和P13K-KT通路)，调控生物生长发育，控制细胞凋亡、增殖、分化等功能。对于IGF-1R的研究主要集中在序列、结构分析、表达和分子系统等方面，而有关在河川沙塘鳢与生长性状相关IGF-1R基因的SNPs研究至今尚未见报道。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种河川沙塘鳢生长性状相关基因的SNP分子标记及其扩增引物与应用，基于本发明SNP引物，通过SPSS 19.0GLM程序，对IGF-1R基因中SNP与河川沙塘鳢生长性状进行关联分析，获得了一个与生长性状相关的SNP，所述SNP引物可用于识别河川沙塘鳢的所属生长性状，实现短时间、低成本、高准确性地选育河川沙塘鳢优良品种。

为解决现有技术问题，本发明采取的技术方案为：

一种河川沙塘鳢生长性状相关基因的SNP分子标记，所述SNP分子标记来自IGF-1R基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其中第1392位碱基为A或G；

其中SNP分子标记引物的上游引物如SEQ ID NO：2所示，

序列为5’-CACTCTGAGTTCCCTGGCTTTC-3’；

下游引物如SEQ ID NO：3所示，序列为5’-AAACCGAGGAGGAAAGGAGTG-3’。

上述SNP分子标记在选育河川沙塘鳢优良品种上的应用，通过对河川沙塘鳢基因组DNA提取，PCR扩增，扩增产物测序，以及基于测序结果确定所述待测河川沙塘鳢的SNP位点位于IGF-1R基因外显子区域的基因型，利用SPSS 19.0软件进行数据处理，GLM程序分析碱基变异信息为SNPg.1392GA与河川沙塘鳢的全长、体长、体高、尾柄长、体重、体宽重要生长性状显著相关；所述待测河川沙塘鳢的SNP位点位于IGF-1R基因外显子区域的基因型为AG时，个体的生长性状均高于GG基因型的个体；所述个体的生长性状为河川沙塘鳢的全长、体长、体高、尾柄长、体重、体宽。