[发明专利]与谷子脖长性状相关的分子标记及其检测引物和应用

说明书

本发明公开了一种与谷子脖长性状相关的分子标记及其检测引物和应用，所述分子标记是NL‑hai‑05‑092，其位于谷子第5号染色体42014092bp位置，碱基为C/T。本发明的分子标记及其检测引物，可以预测谷子脖长，为实现谷子脖长性状的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持。

技术领域

本发明涉及谷子育种技术领域，尤其涉及与谷子脖长性状相关的分子标记及其检测引物和应用。

背景技术

我国是谷子的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家，产量约占全世界总量的80％。同时，我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家。

多项研究表明，作物的穗茎长与植株抗旱性、穗花数呈明显的正相关关系。因此，谷子脖长等指标是影响谷子抗性和产量的重要因子，研究与控制谷子脖长等产量性状相关的基因位置及其功能等，对于指导谷子遗传育种具有重要的意义。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是基因组水平上由单个核苷酸碱基的变异引起的DNA序列多态性，其在基因组中数量多，分布广泛，遗传稳定性好。随着基因测序技术的发展和成本的降低，对不同个体同一基因或基因片段进行直接测序和序列比较，可以确定碱基是否存在变异。因此，SNP检测有利于基因分型，适用于快速和规模化筛查未知或已知SNP与某遗传性状的关系。

目前关于谷子数量性状相关的QTL(quantitative trait locus)定位和SNP标记研究主要集中于SSR标记的开发利用等途经，而利用群体自交系基因组测序检测单核苷酸多态性(SNP)分子标记的开发应用研究尚未有报道。因此，开展谷子数量性状SNP分子标记的开发，并建立辅助选育体系，对于提高谷子产量，节约育种成本具有重要意义。

发明内容

本发明提供一种与谷子脖长性状相关的分子标记及其检测引物和应用，可以预测谷子脖长，为实现谷子脖长性状的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持。

根据本发明的第一方面，本发明提供一种与谷子脖长性状相关的SNP标记，该SNP标记是NL-hai-05-092，其位于谷子第5号染色体42014092bp位置，碱基为C/T。

进一步地，上述NL-hai-05-092位点所在的序列如SEQ ID NO：3所示，上述NL-hai-05-092位点是SEQ ID NO：3所示序列自5’端起第275位碱基。

进一步地，对上述SNP标记，利用复合区间作图法，采用5％的总体显著水平，QTL检测的LOD值为9.1589，表型变异解释率为8.15％。

根据本发明的第二方面，本发明提供一种用于检测如第一方面的SNP标记的引物对，包括：

上游引物28_1F：5’-ATGCCGCATCACATCCTAA-3’(SEQ ID NO：1)和

下游引物28_1R：5’-CCATTGACCTGTTGCCTCT-3’(SEQ ID NO：2)。

根据本发明的第三方面，本发明提供一种用于检测如第一方面的SNP标记的试剂盒，包括如第二方面的引物对，以及任选的用于PCR扩增的试剂成分，这些试剂成分可以包括PCR缓冲液、dNTPs、DNA聚合酶等。

根据本发明的第四方面，本发明提供一种检测如第一方面的SNP标记的方法，采用如第二方面的引物对，对待检测的谷子基因组DNA进行PCR扩增，并通过测序扩增产物来分析NL-hai-05-092位点的碱基情况。

根据本发明的第五方面，本发明提供如第二方面的引物对在检测如第一方面的SNP标记中的应用。