[发明专利]一种膀胱癌的无创检测及其复发监测方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体地，涉及一种膀胱癌的无创检测及其复发监测方法。

背景技术

膀胱尿路上皮癌是泌尿生殖系统中最常见的恶性肿瘤，具有病灶多，复发率高的特点。由于泌尿系统的癌肿位于腹腔及盆腔，只有用特殊检查方法检测，故膀胱癌早期诊断率较低。因此，膀胱癌的早期诊断、早期治疗显得尤为重要。此外，膀胱肿瘤单纯手术复发率较高，经尿道膀胱肿瘤切除(TURBT)后临床面临的一个重要问题是肿瘤复发，而且肿瘤复发后的病理分级和临床分期将加重。如果在术后随访期间出现肉眼血尿，则要考虑复发的可能性。因此，膀胱癌术后在预防复发的治疗期间需要每3个月进行1次膀胱镜复查。

尿脱落细胞学检查和膀胱镜检查是现有临床诊断及监测膀胱癌复发最重要的两种手段。其中，尿脱落细胞学检查是对尿液或膀胱冲洗液进行癌细胞检测。尿细胞学检测膀胱癌虽然具有无创、特异性高的优点，但其检测敏感性与癌细胞恶性分级密切相关，对于低级别尿路上皮病变敏感性较差，且受主观因素影响大。

膀胱镜目前是临床诊断膀胱癌的金标准，也是判断膀胱癌复发随诊的主要方法之一。但膀胱镜检查的局限性在于其侵入性、检测过程造成患者痛苦难以接受并且价格昂贵，还有可能错过平坦型病变和上尿路的病变，因此其他辅助诊断方法常伴随膀胱镜进行检测。膀胱镜针对出现血尿、脱落细胞结果有异常的患者进行检测更合适。

很多恶性肿瘤细胞为DNA非整倍体性，并且非整倍体肿瘤的侵袭性或恶性程度往往比形态相似的二倍体肿瘤更高。针对细胞内染色体数目或结构的异常是肿瘤发生发展的根本原因，UroVysion使用荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization，FISH)检测技术，主要用于染色体数目和结构畸变的研究。但FISH探针特异性高但敏感性稍差，且价格也较昂贵，目前FISH检测同类产品在中国临床应用率并不高。

因此，本领域迫切需要开发能够快速、高效诊断膀胱癌，并且可作为膀胱癌早期筛查及复发检测的方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种能够快速、高效诊断膀胱癌，并且可作为膀胱癌早期筛查及复发检测的方法。

在本发明第一方面，提供了一种非治疗性非诊断性的检测样本中突变位点的方法，包括步骤：

(i)提供一待测样本；

(ii)对所述待测样本进行测序，从而获得所述样本的基因组序列；

(iii)将步骤(ii)获得的基因组序列与参考基因组进行比对，从而获得基因组序列在参考基因组上的位置信息；

(iv)将所述的参考基因组分成M个区域片段，其中每个区域片段为一个窗口b，计算每个窗口b的拷贝数；

(v)对步骤(iv)的每个窗口b进行Z检验，从而计算每个窗口b的Z值；和

(vi)根据步骤(v)所得到的Z值，计算全基因组混乱度评分(WGAS，Whole genomic abnormality score)；和

(vii)基于全基因组混乱度评分(WGAS)，对于评分大于预定值Vd的样本进一步检测所述样本中的肿瘤相关的突变位点，从而获得所述待测样本中的肿瘤相关突变位点的检测结果。

在另一优选例中，所述的肿瘤选自下组：膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌、胃癌、肺癌、结直肠癌、食管癌、胰腺癌、皮肤癌、前列腺癌、食管癌、胆囊癌、甲状腺癌、肝癌、喉癌、口咽癌、白血病、或其组合。

在另一优选例中，所述预定值Vd为60。

在另一优选例中，在步骤(ii)中，对所述待测样本无需提取其中DNA,直接进行测序，从而获得所述样本的基因组序列。

在另一优选例中，在步骤(ii)中，可提取所述待测样本中的DNA,进行测序，从而获得所述样本的基因组序列。

在另一优选例中，可对步骤(ii)获得的所述样本基因组序列直接检测样本中的突变位点。

在另一优选例中，所述参考基因组指该物种(如人)所有染色体的全长、单条或多条染色体的全长、单条或多条染色体的一部分、或其组合。

在另一优选例中，所述参考基因组可以是连续的，也可以是不连续的。

在另一优选例中，所述参考基因组包括全基因组。

在另一优选例中，所述参考基因组的覆盖率达到全基因组的50％以上，较佳地，60％以上，更佳地，70％以上，更佳地，80％以上，最佳地，95％以上。

在另一优选例中，所述样本来自待检测个体。

在另一优选例中，所述待检测个体为人或非人哺乳动物。

在另一优选例中，所述样本为固体样本或液体样本。