[发明专利]一种在PPI网络中基于遗传算法识别关键蛋白质的方法

权利要求书

1.一种在PPI网络中基于遗传算法识别关键蛋白质的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)在蛋白质相互作用网络中产生初始种群；

(2)对个体的适应度计算：对种群中的个体，通过适应度函数计算其适应度值，即首先本方法在运用PPI网络拓扑结构的同时，考虑到了对识别准确率影响较大蛋白质的生物信息，综合运用了其在生物方面的相似度，主要有共同邻居相似度(NTE)，基因表达相似度(GES)，GO语义相似度(GOS)，域交互程度(DS)，系统发育谱相似度(PPS)，通过对这五种相似度进行加权平均，从而形成蛋白质之间的相似度，而不是单纯的运用网络拓扑信息；同时通过选取候选解的方法来识别关键蛋白质，其中每一个候选解含有P个蛋白质，整体度量这P个蛋白质的关键性，通过这些蛋白质与其他蛋白质的联系的紧密度来衡量其关键性；

(3)选择操作：对种群中的个体，按其适应度值采用赌轮的方法选择其参加下一代的种群；

(4)交叉操作：交叉操作是按一定概率在随机挑选的个体对之间进行；

(5)变异操作：变异操作是按一定的概率在随机挑选的个体上进行的，在进行变异时，随机挑选新个体中的d个蛋白质，将替换成随机挑选的其他蛋白质；

(6)局部优化：对多个个体解进行局部优化。