[发明专利]用于长片段阅读测序的方法和组合物

权利要求书

1.一种将双链靶核酸片段化的方法，所述方法包括：

(a)提供基因组DNA；

(b)将所述DNA分成第一层分开的等分试样；

(c)扩增所述分开的等分试样中的所述DNA以形成多个扩增子，其中用dNTP群进行所述扩增，其中所述dNTP群包含：

(i)预定的dUTP与dTTP比率，使得所述DNA中的许多胸腺嘧啶被尿嘧啶替换；

(ii)预定的5-甲基dCTP与dCTP比率，使得许多胞嘧啶被5-甲基胞嘧啶替换；

(d)自所述扩增子除去所述尿嘧啶和所述5-甲基胞嘧啶以形成有缺口的DNA；

(e)处理所述有缺口的DNA以平移所述缺口，直至相反链上的缺口会聚，由此创建平端DNA片段，

其中与在没有5-甲基胞嘧啶的情况中生成的片段相比，所述平端片段具有更小的GC偏离和更小的覆盖偏离。

2.权利要求1的方法，其中所述方法进一步包括自所述第一层的每个分开的等分试样的片段获得许多序列阅读。

3.权利要求1或2的方法，所述方法进一步包含将所述片段分成第二层分开的等分试样。

4.权利要求3的方法，所述方法进一步包含自所述第二层中的每个分开的等分试样的片段获得许多序列阅读。

5.一种将双链靶核酸片段化的方法，所述方法包括：

(a)提供基因组DNA；

(b)将所述DNA分成分开的等分试样；

(c)扩增所述分开的等分试样中的所述DNA以形成多个扩增子，其中：

(i)用包含dNTP类似物的dNTP群进行所述扩增，使得所述DNA中的许多核苷酸被所述dNTP类似物替换；并

(ii)在存在选自下组的添加剂的情况中进行所述扩增：糖原、DMSO、ET SSB、甜菜碱、及其任何组合；

(c)自所述扩增子除去所述dNTP类似物以形成有缺口的DNA；

(d)处理所述有缺口的DNA酸以平移所述缺口，直至相反链上的缺口会聚，由此创建平端DNA片段，

其中与在没有所述添加剂的情况中生成的片段相比，所述平端片段具有更小的GC偏离。

6.权利要求5的方法，其中所述方法进一步包括自每个分开的等分试样的片段获得许多序列阅读。

7.权利要求6的方法，其中在所述获得前，第二次扩增每个分开的等分试样的所述片段。

8.一种自基因组获得序列信息的方法，所述方法包括：

(a)提供所述基因组的第一片段的群体；

(b)制备所述第一片段的乳剂液滴，使得每个乳剂液滴包含第一片段的所述群体的亚组；

(c)获得每个乳剂液滴内的第二片段的群体，使得所述第二片段比所述第一片段短；

(d)组合所述第二片段的所述乳剂液滴与衔接头标签的乳剂液滴；

(e)连接所述第二片段与所述衔接头标签以形成加标签的片段；

(f)将所述加标签的片段组合成单一混合物；

(g)自所述加标签的片段获得序列阅读，其中所述序列阅读包括来自所述衔接头标签和所述片段的序列信息以鉴定来自相同乳剂液滴的片段，由此提供关于所述基因组的序列信息。

9.权利要求8的方法，其中所述衔接头标签的所述乳剂液滴包含至少两组不同标签组分，使得用所述连接步骤(e)中的所述标签组分的不同组合对至少一些所述乳剂液滴中的片段加标签。

10.权利要求8或9的方法，其中所述标签组分来自作为油中的液滴群体制备的一组超过1000种独特的条形码。