[发明专利]一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法

说明书

本发明提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法，包括筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs及其靶基因；并对靶基因表达模式进行分析；按照靶基因表达模式进行植物响应逆境胁迫的lncRNAs分组；对响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块富集分析；给出响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块功能注释。本发明的lncRNAs序列模块功能注释方法结合生物信息学与差异表达分析对植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块进行注释，不但极大地提高了实验的效率、精准性以及灵活性，并显著地降低了实验成本。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释的方法。

背景技术

高通量RNA测序技术是现代基因组学研究最重要的实验技术，在整个生物学领域具有广泛的应用。随着大量测序数据的建立，基因组学研究得到快速发展。在利用高通量RNA测序技术运用于差异表达基因即编码RNA的研究基础上，越来越多的研究关注到基因组的非编码RNA上。这些非编码RNA包括miRNAs、siRNAs、lncRNAs、circularRNA等，其中miRNAs由于其具有独特序列模块以及与靶基因的作用方式已经被广泛地证明在植物生长发育和响应逆境胁迫的转录调控方面具有重要的作用。而lncRNAs是一类长度超过200nt,不具有蛋白编码能力的非编码RNA，可以通过多种方式影响靶基因的转录调控。因此，高通量的开展lncRNAs的功能注释工作对于今后非编码RNA的功能研究具有重要意义。

目前，已有的研究主要通过计算非编码RNA与编码RNA共表达关系的方法将lncRNAs与共表达的mRNA分为一组，利用mRNA的注释信息来完成lncRNAs的功能注释。该方法一是需要大量的表达数据用于共表达分析，同时还将缺失胁迫响应特异表达lncRNAs的功能注释信息。

发明内容

有鉴于此，本发明的第一目的在于提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法，包括以下步骤：

步骤S1，筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs及其靶基因；

步骤S2，再次筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs及其靶基因表达模式分析；

步骤S3，按照靶基因表达模式进行植物响应逆境胁迫的lncRNAs分组；

步骤S4，响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块富集分析；

步骤S5，响应逆境胁迫的lncRNAs特异序列模块功能注释。

优选地，本发明所述的植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法中，所述步骤S1中所述逆境胁迫为低温处理或高盐处理；优选地，所述低温处理为4℃处理6小时；所述高盐处理为150mM NaCl处理6小时。

优选地，本发明所述的植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法中，所述步骤S1中lncRNAs筛选标准为①长度大于200nt；②最小读长覆盖率为3；③开放阅读框小于300nt；④CPC score0,CNCI score0。

优选地，本发明所述的植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法中，所述步骤S2中所述再次筛选响应逆境胁迫差异表达的lncRNAs，筛选最小阈值为：差异倍数2或0.5，p-值0.05，q-值0.05。

优选地，本发明所述的植物响应逆境胁迫的lncRNAs序列模块功能注释方法中，所述步骤S3中所述分组方法为根据响应逆境胁迫的lncRNAs表达模式或靶基因功能富集结果，将响应逆境胁迫的lncRNAs进行分组。