[发明专利]外引物可降解的巢式PCR有效
申请号: | 201710111349.6 | 申请日: | 2017-02-28 |
公开(公告)号: | CN106702001B | 公开(公告)日: | 2020-07-24 |
发明(设计)人: | 何玉贵;江洪;曲越 | 申请(专利权)人: | 北京泰格瑞分子检验有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6848 | 分类号: | C12Q1/6848 |
代理公司: | 北京海虹嘉诚知识产权代理有限公司 11129 | 代理人: | 吴泳历 |
地址: | 102209 北京市昌平*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 外引 降解 pcr | ||
1.一种用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:在单个反应管/孔中巢式PCR完成以下步骤:
(1)外引物扩增:PCR管中加入修饰的外引物PCR反应液,并加入矿物油对PCR反应液进行密封,完成预定扩增程序;所述外引物PCR反应液中采用的外引物末端至中部含有1个或1个以上dU碱基和/或RNA碱基修饰,所述外引物PCR使用Taq、K Taq、H.K Taq,含1-2×常规量的dNTP底物和Mg2+缓冲液;
(2)内引物扩增:于矿物油表层下加入内引物PCR反应液稀释外引物PCR 2-4×倍体积,所述内引物PCR反应液中含有UDG和/或RNA酶,内引物PCR前50摄氏度2-10分钟消化、降解外引物PCR反应液中采用的所述含有1个或1个以上dU碱基修饰和/或RNA碱基修饰的外引物;内引物PCR反应液不含Mg2+。
2.根据权利要求1所述的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:所述内引物PCR反应液中采用的内引物为中部同序引物。
3.根椐权利要求1所述的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于,所述含末端RNA碱基和含1-3个dU修饰的外引物中,修饰dU碱基和/或RNA碱基位列于3'末端/或末端和中部,且所述外引物PCR反应液中含有过量的dNTP底物和Mg2+。
4.根椐权利要求1所述的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:所述外引物PCR反应液中仅单侧采用外引物即单侧一条外引物含有所述dU碱基和/或RNA碱基修饰;其另一侧内引物与同侧外引物共用同一序列引物。
5.根椐权利要求1所述的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:所述外引物PCR反应液中的成分如下:dNTP,其中dA、dG、dC的终浓度是dT的2倍,含Mg2+终浓度3.5mM的缓冲液;
所述内引物PCR反应液与外引物PCR反应液体积相同,不含常规底物dA、dG、dC,含dUTP且与所述dT的终浓度相同。
6.根椐权利要求1所述的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:所述内引物PCR反应液中,UDG酶40×使用浓度为0.05-2.0U/μl,即5U/μl稀释2.5-102倍;RNaseA酶40×使用浓度为0.4-40ug/ml,即4mg/ml稀释102-104倍,或RNaseI 5000U/ml。
7.根椐权利要求1的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:增敏荧光实时定量PCR时,外引物扩增12-15个循环;内引物扩增30-35个循环;
采用倍比稀释定量PCR时,样本于EP管进行倍比梯度稀释,即取样本100~1×10-9开始10×倍稀释5-10次或再等比稀释5-10个梯度,确保有靶分子管稀至无靶分子管的转折点落在梯度范围内,外引物扩增20个循环,内引物扩增30-35个循环。
8.根椐权利要求7的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:采用简易数字定量PCR时,内引物扩增30-35个循环后,每孔加入0.5μg/mL EB 2-5μL于矿物油层下面,置反应管于紫外灯下显色计数或于荧光光度仪检测。
9.根椐权利要求7所述的用于非诊断目的的外引物可降解的单管巢式PCR方法,其特征在于:待测样本进行9个梯次的10倍连续稀释后每个梯次的稀释梯度以缩小10倍体积等量分配至100-10000个反应单元的聚二甲基硅氧烷微孔芯片,使用原位PCR仪进行所述外引物扩增和所述内引物扩增。
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