[发明专利]陆地棉4号染色体与纤维强度相关的SNP分子标记

说明书

本发明属于棉花分子育种技术领域，公开了一种与陆地棉纤维强度相关的SNP分子标记及其检测和应用。所述的SNP分子标记是以棉花稳定的RIL群体为材料，通过基因组重测序的方法得到。利用本发明所公开的这些SNP标记，进行分子标记辅助育种选择，可大大缩短育种周期，提高棉花纤维强度的育种效率。

技术领域

本发明属于棉花分子育种技术领域，具体涉及一种与陆地棉纤维强度相关的SNP分子标记及其检测和应用。

背景技术

棉花作为一种主要的纤维作物，在世界经济中占有重要的地位。在全世界广泛栽培的四个棉种中，陆地棉占据着最重要的地位，其产量占世界棉花总产量的90%以上。随着人们对中高档纺织品需求的增长，对纤维品质的要求日益提高，但传统的育种手段主要是通过表型进行选择，育种效率低，难以满足品质育种的需要。分子标记技术的发展使直接选择数量性状的基因型成为了可能。通过构建棉花遗传图谱进行QTL定位可以使育种者直接选择纤维品质等数量性状的基因型，通过利用F₂和RIL等作图群体进行了纤维品质QTL定位研究也取得了丰硕的成果。尤其是第三代标记技术SNP标记的开发和应用，更可为以后的标记辅助育种打下基础。SNP 标记是目前最具发展潜力的分子标记，因在基因组中数量多，分布广且在基因分析过程中不需要根据片段大小将DNA分带，适合于大规模的自动化和数量庞大的检测分析，目前已得到广泛的应用在医学和生物等领域。但在棉花中的研究还较少。

Kristen L等将SNP 标记作为判断染色体重组事件的最小单位(recombinationbin)，判断子代每个 bin 来源于父母本的情况，得到每个子代的全基因组物理图谱，从而构建出Bin 图谱，用于后续高精度遗传连锁图谱构建和QTL定位（Kristen L Kump, PeterJ Bradbury et al.Genome-wide association study of quantitative resistance tosouthern leaf blight in the maize nested association mapping population[J].Nature Genetic,2011,43(2):163-168）；Yu等应用全基因组重测序对241 株水稻RILs 群体进行低深度重测序，以SNP 为基础构建Bin 图谱，Bin 图谱具有超高密度，能够检测到更多的QTL，同时检测到的QTL 也更加精细（Yu H,Xie W,Wang J,et al.Gains in QTLdetection using an ultra-high density SNP map based on population sequencing