[发明专利]桑树黑斑病病原菌的核糖体RNA序列及其应用

权利要求书

1.一种桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori核糖体RNA，其特征在于，所述核糖体RNA的全长cDNA序列如SEQ.ID.NO1所示。

2.根据权利要求1所述桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori核糖体RNA，其特征在于，所述核糖体RNA由18SrRNA、ITS1、5.8SrRNA、ITS2、28SrRNA组成；所述18SrRNA的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第1～1726碱基序列所示；所示ITS1的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第1727～1876，所述5.8SrRNA的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第1877～2034，所述ITS2的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第2035～2183，所述28SrRNA的cDNA序列为SEQ.ID.NO1所示序列中第2184～5469。

3.权利要求1或2所述桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的核糖体RNA序列在定量检测桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述应用的方法包括以下步骤：

S1.收集桑树病叶；

S2.提取桑树病叶的总DNA；

S3.IlluminaDNA文库构建；

S4.Illumina高通量测序；

S5.去除测序数据中桑树基因组序列；

S6.组装微生物基因组序列；

S7.组装完整核糖体DNA序列

S8.对比分析核糖体DNA序列；

步骤S3所述IlluminaDNA文库构建的方法为：依照Illumina文库构建流程，将所述步骤S2中所述总DNA构建为片段大小500bp的双末端高通量测序文库；

步骤S8所述对比分析核糖体DNA序列的方法为：使用序列比对分析软件，将步骤S7所述完整核糖体DNA序列与桑树污叶病/黑斑病病原菌rRNA的全长cDNA序列进行比对。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，步骤S5所述去除测序数据中桑树基因组序列的方法为：利用比对软件对步骤S4中所述高通量测序数据进行数据比对分析，选择比对算法，将所述测序数据与桑树参考基因组进行比对，并将比对上参考基因组的所述测序数据判定为桑树基因组序列，使用编写的计算机程序从所述测序数据中去除桑树基因组序列；

S5所述去除测序数据中桑树基因组序列选用的参考基因组序列为：

桑属川桑Morusnotabilis全基因组序列GCA_000414095.2和叶绿体基因组序列NC_027110.1；

步骤S6所述组装微生物基因组序列的方法为：使用组装软件对步骤S5得到的已去除桑树基因组序列的测序数据进行组装；

步骤S7所述组装完整核糖体DNA序列的方法为：采用比对软件，对所述组装序列进行比对，根据比对结果从测序数据中获取双末端测序片段，使用组装软件对序列进行组装和延伸，经多个循环操作，直至获得完整的核糖体DNA序列。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，步骤S5所述比对软件为bwa0.7.12-r1039软件；步骤S5所述比对算法为mem比对算法；步骤S5所述将测序数据与桑树参考基因组进行比对是双末端比对方法和bwa0.7.12-r1039软件的默认参数；步骤S5所述编写的计算机程序用python计算机语言编写；步骤S6所述组装软件为MetaVelvetv1.2.01；步骤S7所述比对软件为bwa0.7.12-r1039软件；步骤S7所述比对方法采用无错配0mismatch和无断裂0gap比对；步骤S7所述组装软件为MetaVelvetv1.2.01软件。

7.权利要求1或2所述桑树黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的核糖体RNA序列在真菌种属分类方面的应用。