[发明专利]一种用于结核分枝杆菌分型SNP位点的试剂盒及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及SNP分子标记领域，具体而言，涉及一种用于结核分枝杆菌分型SNP位点的试剂盒及其应用。

背景技术

结核病(tuberculosis,TB)是伴随人类历史最长的疾病之一，也是全球由单一致病菌导致死亡人数最多的疾病，已经成为全球重大公共卫生问题，结核病的防治工作任重而道远。

结核分枝杆菌(M.tuberculosis)，俗称结核杆菌，是引起结核病的病原菌。全球范围内流行的结核分枝杆菌主要被分为6大谱系和少数亚谱系。不同谱系的结核分枝杆菌在毒力、致病力、疫苗效力变化和抗药性等方面有较大差异，因此，有必要对结核分枝杆菌的谱系进行细分。

目前，结核分枝杆菌的分型方法主要有：长序列多态性(LSP)分型、Spoligotyping分型和单核苷酸多态性(SNP)分型。LSP分型是基于结核分枝杆菌基因组中差异区(RD)的缺失而建立的结核分枝杆菌谱系鉴定方法，该方法操作简单，只需普通PCR即可完成，结果易判读，但该方法只能将结核分枝杆菌分成6个大谱系和15个亚谱系，分辨能力不高。Spoligotyping分型是通过检测结核分枝杆菌染色体上DR序列之间的不同间隔序列从而实现结核分枝杆菌的分型，该分型方法也存在分辨率低的缺陷。

SNP分型技术是基于基因组水平上由单个核苷酸变异可引起基因组DNA序列多态性，SNP从全基因组序列中来，其优点是具有更高的分辨率，克服了其他分型方法的同源异质性的缺点，并且SNP更符合结核分枝杆菌的进化规律。目前，国外研究者已筛选SNP位点作为分型靶标，如Francesc Coll等研究发现62个SNP位点可以将结核分枝杆菌一共划分为55个亚谱系，Homolka C等用71个SNP位点将结核分枝杆菌划分为10个亚谱系，但国内并未发现一套成熟的SNP分类靶标应用于结核分枝杆菌中预防和控制的实践中。因此基于结核分枝杆菌全基因组序列数据，发现并筛选出一批具有代表性的SNP位点有助于将结核分枝杆菌分成更多的亚谱系，提高其分辨能力。

有鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的第一目的在于提供一种检测结核分枝杆菌SNP位点的试剂盒，该试剂盒包括用于检测结核分枝杆菌的SNP集合的试剂或组件。上述试剂盒能够对结核分枝杆菌的SNP集合进行检测，从而将结核分枝杆菌细分为不同亚型，提高对结核分枝杆菌谱系的分辨能力。

本发明的第二目的在于提供一种上述试剂盒在结核分枝杆菌的分型或进化分析中的应用。上述应用能够提高结核分枝杆菌分型或进化分析的准确性。

本发明的第三目的在于提供一种上述试剂盒在制备用于结核病感染病原体亚型判断的诊断产品中的应用。

本发明的第四目的在于提供一种对结核分枝杆菌进行分型或进化分析的方法，所述方法使用上述试剂盒对结核分枝杆菌的SNP集合进行检测。

为了实现本发明的上述目的，特采用以下技术方案：

本发明提供一种检测结核分枝杆菌SNP位点的试剂盒，所述试剂盒中包括用于检测SNP集合的试剂和/或组件，所述SNP集合包括以下一个或多个SNP位点，所述SNP位点的物理位置是基于结核分枝杆菌H37Rv的全基因组序列比对确定的，所述结核分枝杆菌H37Rv的全基因组序列的Accesion Number为NC_000962.3：

SNP位点1：位于结核分枝杆菌染色体上第107791位，其核苷酸为C/T；

SNP位点2：位于结核分枝杆菌染色体上第108136位，其核苷酸为C/A；

SNP位点3：位于结核分枝杆菌染色体上第108181位，其核苷酸为C/T；

SNP位点4：位于结核分枝杆菌染色体上第109040位，其核苷酸为G/A；

SNP位点5：位于结核分枝杆菌染色体上第110395位，其核苷酸为G/C；

SNP位点6：位于结核分枝杆菌染色体上第111848位，其核苷酸为G/A；

SNP位点7：位于结核分枝杆菌染色体上第112333位，其核苷酸为G/A；

SNP位点8：位于结核分枝杆菌染色体上第112490位，其核苷酸为G/A；

SNP位点9：位于结核分枝杆菌染色体上第112734位，其核苷酸为G/A；

SNP位点10：位于结核分枝杆菌染色体上第113139位，其核苷酸为G/A；

SNP位点11：位于结核分枝杆菌染色体上第114695位，其核苷酸为G/A；

SNP位点12：位于结核分枝杆菌染色体上第116225位，其核苷酸为C/G；