[发明专利]黄牛ADNCR基因单核苷酸多态性的四引物扩增受阻突变体系PCR检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种黄牛ADNCR基因单核苷酸多态性的四引物扩增受阻突变体系PCR检测方法及其应用。以待测黄牛全基因组DNA为模板，通过四引物扩增受阻突变体系PCR扩增长链非编码RNA ADNCR基因片段，再进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定长链非编码RNA ADNCR基因在g.1263T>A位点存在不同的基因型。结果发现，长链非编码RNA ADNCR基因g.1263T>A的单核苷酸不同类型与秦川牛的坐骨端宽性状之间存在显著相关，提示长链非编码RNA ADNCR基因单核苷酸多态不同类型可作为提高黄牛生长发育性状的DNA标记，有利于快速建立生长发育性状优良的黄牛遗传资源群体。

技术领域

本发明属于现代生物技术与家畜育种领域，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及一种检测黄牛长链非编码RNA ADNCR基因T>A的单核苷酸多态性(SNP)的四引物扩增受阻突变体系PCR(T-ARMS-PCR)方法。

背景技术

动物育种技术主要包括以表型和表型值为基础的常规育种技术和以DNA多态为基础的分子育种技术。作为分子育种技术体系的重要组成部分，分子标记辅助选择(marker-assisted selection，MAS)育种技术首先检测重要基因的DNA多态性，然后分析DNA多态与遗传性状之间的相关性，最后再根据与遗传性状显著相关的DNA标记进行性状选择。作为现代分子生物学技术发展过程中孕育而生的新技术，MAS育种技术可以在DNA水平上快速准确地分析个体的遗传组成，该方法通过有性杂交将目的基因转移到需要改良的亲本中，将目标基因型的鉴定与传统育种相结合，从而实现对基因型的直接选择，提高育种目标的定向性。该方法在克服表型鉴定的困难、早期选择、进行无损害的性状评价和选择及提高回交育种效率等方面具有优越性。

在MAS育种技术体系中，寻找重要功能基因、筛查重要基因遗传变异位点，并分析重要功能基因遗传变异位点与生长性能的相关性，是分子标记辅助选择技术应用的前提和关键。作为分子遗传标记的重要方式之一。单核苷酸多态性(SNP)指序列间单碱基替换或插入缺失，且在群体中的发生频率大于1％的多态类型(Kwok and Gu 1999)。根据其在基因组中的位置可以划分为外显子多态性(包括错义突变、同义突变和无义突变)、基因间区多态性、内含子或3’-/5’-调控区多态性。

SNP作为一种遗传标记，具有发生频率高、能稳定遗传、易进行自动化检测等优点，并且在不同物种、不同品种间SNP分布都存在差异，所以SNP可以作为评价群体遗传多样性的重要指标。目前，在遗传多样性研究中，杂合度是常用的一种变量，这种情况下，杂合度是指在基因组上检测到的所有SNP标记在不同样本间的差异程度(Purcell et al.2007)。发现并且充分利用个体间基因变异对家畜育种而言是非常重要的。近几年来，通过在家畜上已经定位出了很多与重要经济性状相关的位点。Fan等检测820个商品猪的全基因组SNP，并且对背膘厚、眼肌面积等性状进行分析，发现了与上述性状相关的候选基因，如MC4R、BMP2等(Fan et al.2011)。Jiang等通过对2093头中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行研究，共检测出了105个与产奶性状显著相关的SNP标记位点(Jiang et al.2010)。此外，很多影响牛数量性状(包括体尺、繁殖力、产奶量、寿命、难产率等)的SNP位点及其候选基因逐渐被定位出来。SNP作为一种标记辅助选择(Marker-assisted selection)在家畜育种中具有重要的应用价值。