[发明专利]一种与杨树抗逆基因表达调控相关的内参基因的筛选方法在审
申请号: | 201710036923.6 | 申请日: | 2017-01-18 |
公开(公告)号: | CN106874707A | 公开(公告)日: | 2017-06-20 |
发明(设计)人: | 项艳;严涵薇;储文渊;程欣然 | 申请(专利权)人: | 安徽农业大学 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18;G06F19/24 |
代理公司: | 北京华仁联合知识产权代理有限公司11588 | 代理人: | 李珊 |
地址: | 230000 安徽*** | 国省代码: | 安徽;34 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 杨树 基因 表达 调控 相关 内参 筛选 方法 | ||
1.一种与杨树抗逆基因表达调控相关的内参基因的筛选,其特征在于,包括以下步骤:
(1)收集与杨树抗逆基因表达调控相关的基因芯片,选择编号为GSE13990,GSE15242,GSE21171和GSE23637的基因芯片为特异性筛选芯片;
(2)对步骤(1)的4个基因芯片中包含的探针进行归一化处理,步骤包括:
步骤一:利用Expression Console软件中的MAS5算法计算得到基因芯片中每个探针的P-Value值,筛选P-Value值<0.05的探针;
步骤二:利用Expression Console软件中的RMA算法计算筛选后的探针在不同胁迫条件下的CV值,将探针按照CV值从小到大的顺序进行排序;
(3)选择步骤(2)中排序前50的探针所对应的杨树基因为候选基因,利用InterproScan软件对50个候选基因进行功能预测,选择维持杨树生命基础功能的相关基因为所述内参基因。
2.根据权利要求1所述的一种与杨树抗逆基因表达调控相关的内参基因的筛选方法,其特征在于,所述步骤二中,不同胁迫条件包括盐胁迫和干旱胁迫。
3.根据权利要求1所述的一种与杨树抗逆基因表达调控相关的内参基因的筛选方法,其特征在于,所述步骤(3)中,维持杨树生命基础功能的相关基因包括参与能量代谢和氨基酸合成的相关基因。
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