[发明专利]一种非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法

说明书

本发明公开了一种非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法，该方法包括以下步骤：利用IntOGen数据库筛选NSCLC两个亚型肺鳞癌和肺腺癌的驱动基因；利用Venn图制作确定肺鳞癌和肺腺癌共有的驱动基因；利用生物信息学技术进行GO基因富集功能和KEGG通路分析；驱动基因的蛋白互相作用网络图绘制。本发明挖掘并筛选NSCLC的驱动基因，并进行生物信息学分析。希望能从对NSCLC的生物学性质，以及NSCLC发生、发展过程中基本的分子机制的研究得到深刻认识，为NSCLC的诊断提供检测标志物及新的治疗点，也为疾病的预防和治疗等提供可靠的科学依据。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法，具体地说，涉及一种利用多种数据库进行非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法。

背景技术

肺癌是中国，以及全球发病率及死亡率第一的恶性肿瘤。在过去的40年间，肺癌的5年生存率仅从12％上升至16％，最主要原因是诊断时已属晚期,相反，早期诊断的肺癌进行手术后生存率可提高到80％。可见，早发现、早期诊断对肺癌的治疗及预后具有重要的临床意义。当前广泛运用的检测手段包括无创检查(如X线、CT、钼靶摄片等)和有创检查(纤维支气管镜、支气管造影、B超或CT定位下穿刺活检等)，但缺乏依从性和普及运用的可能。因此，探讨肺癌分子致病机理并找寻新的肺癌分子标志物，让肺癌患者能够及时有效的早查、早诊、早治，是提高肺癌患者生存率、降低死亡率的关键科学问题。

尽管目前有一些肿瘤标志物,如CA125(癌抗原125)、CA19-9(癌抗原19-9)、CEA(癌胚抗原)等可用于肺癌的检测，但敏感性和特异性均不高，所以目前为止，尚没有理想的可供临床使用的肺癌早期筛查和诊断标志物。不断地发现和鉴定新的肺癌相关癌基因/蛋白仍是一项重要的工作。癌症通常是由于DNA突变的积累造成的。驱动基因(Driver gene)的突变是导致癌症的最主要原因，到目前为止，研究者致力于找到导致癌症的个体基因和细胞的改变途径。近年来，临床已经发现了一系列肺癌的驱动基因，包括ALK、EGFR、BRAF、KRAS及HER2突变等。在亚裔肺腺癌患者中，87％的患者被发现已知驱动基因，其中81％的驱动基因已有明确的靶向抑制剂。因此，驱动基因的发现可以为探讨癌症发病机制、寻找个体化治疗靶点，以及筛选潜在的肿瘤诊断标志物提供理论依据。

肿瘤基因组学综合数据库(The Integrative Oncogenomics database，IntOGen)整合了用组织分类的多维的人类肿瘤基因组学数据，其中组织名符合ICD-O命名规范。IntOGen数据库使不同变异类型(如基因突变，拷贝数改变)的数据挖掘成为可能。数据库操作简单，数据全面，免费共享，并为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台。IntOGen数据库在分子生物学领域中有着广泛的应用前景，为癌症驱动基因的挖掘与筛选提供了最佳平台。

非小细胞肺癌(Non-Small Cell Lung Cancer,LSCLC)是肺癌的主要病理类型，本发明通过对IntOGen数据库中NSCLC(包括肺腺癌(Lung Adenocarcinoma,LUAD)和肺鳞癌(Lung Squamous Cell Carcinoma,LUSC))的基因突变数据进行挖掘，寻找肺鳞癌和肺腺癌共有的驱动基因，并利用DAVID和STRING数据库对这些基因进行功能富集和通路分析。本发明旨在提供一种利用多种数据库挖掘癌症驱动基因的方法，为非小细胞肺癌分子机理的探讨与临床肿瘤标志物的筛选提供可行的方法和依据。

发明内容

本发明的目的在于提供一种非小细胞肺癌驱动基因筛选与功能分析的方法，利用IntOGen数据库分别筛选肺鳞癌和肺腺癌驱动基因，通过Venn图制作确定肺鳞癌和肺腺癌共有的驱动基因，利用DAVID数据库对筛选出的驱动基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，利用STRING数据库进行蛋白间相互作用分析，为NSCLC的肿瘤标志物筛选、分子发病机制等提供有意义的探索和依据。

其具体技术方案为：