[发明专利]一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法

说明书

一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法，所述与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的核苷酸序列为：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp处有一个A11‑G11的碱基突变，导致多态性；本发明通过运用了全基因组关联分析的方法寻找得到了与猪病毒免疫性状相关的SNP分子标记，可用于猪细胞因子性状的检测，即作为猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记在标记辅助选择中的应用，为猪病毒免疫性状的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。

技术领域

本发明涉及SNP标记的技术领域，尤其涉及一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法。

背景技术

我国养猪业历史悠久，养殖规模与技术不断扩大与提高。然而，养猪业的发展也面临着挑战，其中猪的疫病控制能力尚低，对疾病的监测、诊断、防御和扑灭等环节仍需要加强。为了防御疾病，药物的大量使用使得猪肉食品安全问题突出，因此，从培育抗病品系入手，是改善养猪行业的新策略和热门研究方向。

全基因组关联分析(GWAS，genome-wide association studies)自1996年被提出(Rish N,Merikangas K,1996)，近些年成为研究复杂性状的新方法，特别是在畜禽的重要经济性状、疾病的抗性、品种的特征等性状研究的应用，大大丰富了畜禽标记辅助选择(MAS,marker assisted selection)可用的分子标记，为畜禽重要经济性状提供了遗传基础，从而克服了连锁分析的局限性。

Klein等人利用全基因组关联分析首次报道了与年龄相关的视网膜黄斑变性，在医学界运用人类基因组中数量众多的单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism，SNP)为标记对病例进行关联分析，从而发现影响复杂疾病的遗传基础，这在人类疾病研究中是一大突破。如最近利用GWAS发现在TCF7L2和CDKN2A/2B基因上存在与亚洲人、印度人早发型II型糖尿病有关的SNPs(Chidambaram M et al.,2016)。在畜禽上，Daetwyler等人利用Affymetrix公司的10K SNP芯片对484头荷斯坦奶牛进行方差组分连锁分析和连锁不平衡单点回归分析发现了与305天产奶量、乳汁率、乳蛋白含量；体细胞评分；个体寿命；产犊间隔；初产年龄相关的102个潜在的QTL和144个显著相关的SNPs。依赖于基因分型和高通量测序，传统的分子标记GWAS通过基因分型寻找可能影响人类疾病的基因多态。如果将GWAS与临床结合起来，运用抗原作为探针，就可以利用细胞GWAS寻找真正影响发病机制的基因多态。

IFNγ(interferon gamma)是II型干扰素的唯一成员，由活化的T细胞和自然杀伤细胞产生，具有激活激活巨噬细胞并促进其功能，促进多种细胞表达MHCI类和MHCII类分子，促进Th0细胞分化成Th1细胞，并抑制Th2细胞增殖等作用。Ben等人的研究发现，IFNγ基因存在多态，相比于正常人，在慢性乙型肝炎患者中AA基因型更容易产生低水平的IFNγ，这可能降低对乙型肝炎病毒的敏感性；另有研究表明IFNγ可以通过抑制粒细胞趋化蛋白2的生成而对胶原诱导性关节炎起保护作用；研究还发现IFNγ能抗肝纤维化；最新研究发现在I型糖尿病患者自然杀伤细胞上的MHCI类限制性T细胞相关分子CRTAM可以触发分泌IFNγ的自然杀伤细胞IFNγ的表达，表明CRTAM可以作为鉴定炎性细胞的一个标。

发明内容

本发明的目的在于提出一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，以此作为猪病毒免疫性状相关的SNP分子标记在标记辅助选择中应用。

本发明的另一个目的在于提出一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，可有效确定与猪病毒免疫性状相关联的SNPs。

为达此目的，本发明采用以下技术方案：