[发明专利]制备和分析肿瘤组织样品用于检测和监测癌症的方法

权利要求书

1.一种分析生物样品的方法，它包括：

(a)通过下列步骤处理生物样品：

(i)在水凝胶亚单位存在下固定样品；

(ii)聚合水凝胶亚单位以形成水凝胶包埋的样品；

(iii)清洁水凝胶包埋的样品；以及

(iv)用一种或多种第一可检测标记物标记经清洁的水凝胶包埋的样品；

(b)通过显微镜检查术，任选地通过光学显微镜检查术使经处理的样品成像，以产生生物样品的至少一个第一图像和/或测定生物样品中第一可检测标记物的量，

其中所述的生物样品是肿瘤组织样品、预先冷冻的生物样品或细胞系。

2.权利要求1的方法，其中所述的生物样品具有大于20微米的长度和大于20微米的厚度。

3.一种在受试者中诊断肿瘤或确定肿瘤的预后的方法，它包括：

(a)通过下列步骤处理从受试者获得的肿瘤组织样品：

(i)在水凝胶亚单位存在下固定该肿瘤组织样品；

(ii)聚合水凝胶亚单位以形成水凝胶包埋的样品；

(iii)清洁水凝胶包埋的样品；以及

(iv)用一种或多种第一可检测标记物标记经清洁的水凝胶包埋的样品；

(b)使经处理的样品成像，以产生第一可检测标记物的至少一个肿瘤图像和/或测定第一可检测标记物的量；以及

(c)将所述的肿瘤图像或量与一个或多个对照图像或量或从正常组织、肿瘤组织、与良好预后相关的肿瘤组织或与不良预后相关的肿瘤组织获得的预定图像或量比较，

由此确定肿瘤的存在或肿瘤的预后。

4.一种确定受试者的肿瘤对治疗性处理的响应的方法，它包括：

(a)通过下列步骤处理在第一时间点从受试者获得的第一肿瘤组织样品：

(i)在水凝胶亚单位存在下固定该肿瘤组织样品；

(ii)聚合水凝胶亚单位以形成水凝胶包埋的样品；

(iii)清洁水凝胶包埋的样品；以及

(iv)用一种或多种第一可检测标记物标记经清洁的水凝胶包埋的样品；

(b)通过下列步骤处理在治疗性处理后在第二时间点从受试者获得的第二肿瘤组织样品：

(i)在水凝胶亚单位存在下固定该肿瘤组织样品；

(ii)聚合水凝胶亚单位以形成水凝胶包埋的样品；

(iii)清洁水凝胶包埋的样品；以及

(iv)用一种或多种第一可检测标记物标记经清洁的水凝胶包埋的样品；

(c)使(a)和(b)的处理过的样品成像，以产生(a)的经处理的样品的第一肿瘤图像和(b)的经处理的样品的第二肿瘤图像和/或测定(a)的经处理的样品中所述一种或多种第一可检测标记物的第一量和(b)的经处理的样品中所述一种或多种第一可检测标记物的第二量；以及

(d)将第一肿瘤图像与第二肿瘤图像比较，或所述一种或多种可检测标记物的第一量与第二量比较，其中如果第二肿瘤图像或第二量显示比第一肿瘤图像或第一量更少的肿瘤特征，则该肿瘤对该治疗性处理响应良好，其中如果第二肿瘤图像或第二量显示比第一肿瘤图像或第一量更多的肿瘤特征，则该肿瘤对该治疗性处理响应差。

5.权利要求3或权利要求4的方法，其中所述的受试者是哺乳动物。

6.权利要求5的方法，其中所述的受试者是人。

7.权利要求5的方法，其中所述的受试者是人类疾病的动物模型。

8.权利要求1-7任一项的方法，其中所述的成像包括：

将(a)的经处理的样品置于光均匀的样品操作部件中；

在(a)的经处理的样品内多个位置上比对显微镜装置的一个或多个光片和一个或多个检测聚焦平面；

用(a)的经处理的样品进行成像操作以从所述多个位置的每个位置采集图像；以及

基于从所述多个位置的每个位置采集的图像产生第一肿瘤图像。