[发明专利]用于基因组组装、单元型定相以及独立于靶标的核酸检测的方法

权利要求书

1.一种测定包含至少两种物种的异质样品中的核酸分子多样性的方法，该方法包括：

a)获得包含多个核酸分子的核酸样品，所述多个核酸分子经稳定剂处理，其中：(i)所述多个核酸分子中的至少第一核酸分子包含独立于第一共同磷酸二酯骨架而被保持在一起的第一核酸区段和第二核酸区段，其中在所述第一核酸区段与所述第二核酸区段之间裂解所述第一共同磷酸二酯骨架，以及(ii)所述多个核酸分子中的至少第二核酸分子包含独立于第二共同磷酸二酯骨架而被保持在一起的第三核酸区段和第四核酸区段，其中在所述第三核酸区段与所述第四核酸区段之间裂解所述第二共同磷酸二酯骨架；

b)用第一标记标记所述第一核酸区段并用第二标记标记所述第二核酸区段，使得所述第一核酸区段和所述第二核酸区段可被识别为由所述多个核酸分子中的所述第一核酸分子产生，并且用第三标记标记所述第三核酸区段并用第四标记标记所述第四核酸区段，使得所述第三核酸区段和所述第四核酸区段可被识别为由所述多个核酸分子中的所述第二核酸分子产生；

c)通过获得多个序列读取来对所述第一核酸区段的至少一个可识别部分及所述第一标记、所述第二核酸区段的可识别部分及所述第二标记、所述第三核酸区段的可识别部分及所述第三标记以及所述第四核酸区段的可识别部分及所述第四标记进行测序；

d)至少构建包含来自所述第一核酸区段和所述第二核酸区段的第一序列支架以及来自所述第三核酸区段和所述第四核酸区段的第二序列；使得所述多个核酸分子的多个区段的序列被分配给所述第一序列支架或所述第二序列支架中的至少一个；以及

e)计算所构架的多个序列支架的数目，其中当确定标记的核酸区段来自相同的核酸分子时，将标记的核酸分子的序列分配给共同的支架；

其中计算的序列支架的数目与所述异质样品的物种多样性对应。

2.根据权利要求1所述的方法，其中标记所述第一核酸区段和所述第二核酸区段包括将第一寡核苷酸添加至所述第一核酸区段以及将第二寡核苷酸添加至所述第二核酸区段，其中所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸包含共同的序列。

3.根据权利要求2所述的方法，其中将具有所述共同的寡核苷酸序列的核酸区段的序列分配给共同的支架。

4.根据权利要求3所述的方法，其包括将所述第一核酸区段的所述可识别部分映射至叠连群数据集，并且将所述叠连群数据集的任何匹配的叠连群纳入所述共同的支架。

5.根据权利要求4所述的方法，其中同时生成所述叠连群数据集。

6.根据权利要求4所述的方法，其中从数据库获得所述叠连群数据集。

7.根据权利要求1所述的方法，其中标记所述第一核酸区段和所述第二核酸区段包括连接所述第一核酸区段与所述第二核酸区段，并且其中将所述第一核酸区段和所述第二核酸区段分配给共同的支架。

8.根据权利要求7所述的方法，其包括将所述第一核酸区段的所述可识别部分映射至叠连群数据集，并且将所述叠连群数据集的任何匹配的叠连群纳入所述共同的支架。

9.根据权利要求8所述的方法，其中同时生成所述叠连群数据集。

10.根据权利要求8所述的方法，其中从数据库获得所述叠连群数据集。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述异质样品包含多个等位基因变体。

12.根据权利要求11所述的方法，其中等位基因变体的数目大于支架的数目。

13.根据权利要求11所述的方法，其中等位基因变体的数目等于生成的支架的数目。

14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中在所述获得所述核酸样品之后，裂解所述磷酸二酯骨架。