[发明专利]自动化样品质量评估

说明书

本文描述了评估生物样品质量同时保持生物样品用于预期用途分析的生存力的方法。该方法包括分析从受试者获得的用于预期用途的生物样品，使用一种或多种样品质量的生物标志物评估生物样品的质量，并同时对相同样品进行预期用途分析。评估样品的质量可以包括评估样品处理方案的依从性和评估受试者依从性。

相关申请的交叉引用

本申请要求2015年11月4日提交的美国临时专利申请号62/250,627的权益，其全部内容通过引用并入本文。

领域

本发明一般涉及使用指示样品质量参数的小分子生物标志物和基于其的方法来评估样品质量的系统、方法和设备。

发明背景

代谢组学已广泛且成功地用于鉴定各种适应症的生物标志物。为包括代谢组学分析在内的任何应用获取可解释的高质量数据取决于从良好的研究设计和高质量的样品开始，避免由于错误操作样品或缺乏受试者依从性而造成的假象。目前，在分析之前可以对样品进行目视检查，以去除具有明显质量问题例如温度或样品体积的样品。在某些情况下，由于样品外观的物理变化，可以将样品可视鉴定为次佳。例如，血浆或血清样品的目视检查可以显示样品中的大量血尿-来自溶血的红色(高红细胞裂解量)或来自脂血的浑浊(高脂质含量)。然而，通过目视检查可能无法识别少量溶血(例如微量血尿)或对样品的其他扰动。

在除基于血液的样品以外的样品类型(如尿液或组织)中，目视检查对样品质量的揭示很少。此外，样品中代谢物的水平可能受样品处理的影响，包括样品收集、加工和存储条件如收集管和管添加剂、从收集到加工的时间、加工孵育温度、存储时间、存储温度、冻融循环、以及受试者依从性，如禁食状况、用药和补充用药状况、吸烟状况、饮食和运动依从性。样品处理和/或受试者依从性违反方案进而可能会影响样品在后续分析中的效用或适用性。监测样品采集和评估样品处理的方案依从性和受试者依从性的能力可以确保样品符合质量标准，或者那些不符合一个或多个标准的样品从分析中移除或分析得到适当修改。测量和报告影响样品质量的参数的方法是有益的。

虽然存在样品质量参数用于评价基于代谢组学的研究中的预分析加工变化的一些影响(Kamlage,et al.Clinical Chemistry.60:2,399-412(2014))，但这些参数不考虑受试者依从性。评价受试者依从性的质量参数对临床试验等研究非常重要，因为未能符合治疗方案会影响试验结果或可能对受试者的安全构成威胁。例如，不符合禁食方案可能会影响许多类型研究的结果，包括生物标志物的发现和开发。另外，为了获得有效的结果，诊断测试的依从性可能是重要的。需要评估样品质量的方法，其包括解决样品处理和受试者依从性的质量参数，以及鉴定可用于进行评估的代谢物生物标志物。

本文描述的用于评估涉及测量多种小分子分析物(例如，代谢组学研究)的研究的样品的质量的方法代表相对于用于评估样品质量的目前的方法的改进。目前的方法需要对用于较大代谢组学研究的样品子集进行分开的质量分析。仅对少数样品进行质量评估，然后从该评估中推断出所有样品的质量。本文描述的方法同时进行预期用途分析的研究中的所有样品的质量评估，并且不需要分开的样品或样品运行来解决样品质量问题。通过这种方式，所需的样品量被最小化，确保所有样品符合质量标准的可信度得到保证，并且所得到的数据具有可接受的质量。此外，由于评估了每个样品的质量，因此可以评估个体样品中观察到的变化，例如由于符合禁食或药物方案导致的变化，并且可以确定并适当地解决对额外或修改分析的需求。目前的方法不鼓励进一步使用已经确定质量不足的样品。本文描述的方法评估每个样品的质量，并且可以标记(flag)不满足特定样品质量参数的个体样品用于进一步分析。因此，整个样品组不需要被丢弃或从分析中移除。包括在该方法中，报告确定为受影响的个体样品质量参数。该评估为研究人员提供了关于可能已经违反处理和/或依从性方案的哪些方面的信息。

概述