[发明专利]三官能交联试剂有效

专利信息
申请号: 201680071444.1 申请日: 2016-11-09
公开(公告)号: CN108368051B 公开(公告)日: 2021-05-25
发明(设计)人: 埃里克·莫兰·卡雷拉;迈克尔·安德烈亚斯·沙夫罗特;娜丁·索博茨基;贝恩德·沃尔沙伊德 申请(专利权)人: ETH苏黎世公司
主分类号: C07D213/81 分类号: C07D213/81;C07C243/18;C07C247/10;C07C247/12;C07D207/50;G01N33/58
代理公司: 成都超凡明远知识产权代理有限公司 51258 代理人: 魏彦
地址: 瑞士*** 国省代码: 暂无信息
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摘要:
搜索关键词: 官能 交联 试剂
【权利要求书】:

1.一种式(Ic)的化合物:

2.根据权利要求1所述的式(Ic)的化合物用于表征和分析配体和靶标之间相互作用的用途,所述靶标选自糖蛋白受体的组。

3.根据权利要求2所述的用途,其中

·所述靶糖蛋白受体是细胞表面或分泌的糖蛋白受体;和/或

·配体是选自由蛋白质、肽、小分子和病毒组成的组的孤儿配体。

4.根据权利要求3所述的用途,其中所述小分子为药物。

5.鉴定配体(II)与样品中靶标(III)之间特异性相互作用的方法,其中

·所述靶标(III)是糖蛋白受体;以及

·所述配体(II)识别在所述靶标(III)上的配体特异性结构域;

其特征在于

形成靶标-配体-试剂复合物(VI),所述复合物(VI)包括根据权利要求1所述的式(Ic)的化合物、配体(II)和靶标(III),其中,配体(II)与所述式(Ic)的化合物的羟基琥珀酰亚胺酯基团共价结合,并且靶标(III)与所述式(Ic)的化合物中存在的腙基团共价结合。

6.根据权利要求5所述的方法,所述方法包括以下步骤:

i)提供包含所述靶标(III)的样品,

ii)使所述靶标(III)经历氧化处理以在至少一个碳水化合物残基上产生醛官能,从而获得氧化的靶标(IV),

iii)提供根据权利要求1所述的式(Ic)的化合物,并且允许其羟基琥珀酰亚胺酯基团与所述配体(II)缀合以获得配体-试剂复合物(V),

iv)在(a)所述复合物(V)能够结合所述氧化的靶标(IV)上的配体特异性结构域并且(b)所述复合物(V)的所述腙基团((CH3)2C=N-NH-)被转化为其游离形式并允许共价结合所述氧化的碳水化合物靶标(IV)的条件下,使步骤(ii)的所述样品与步骤(iii)的复合物(V)接触,以获得包括共价结合配体和共价结合靶标的靶标-配体-试剂复合物(VI),

v)裂解步骤(iv)的所述样品使得膜嵌入的细胞表面蛋白以及所述复合物(VI)可用并且与基质(VII)反应,以获得基质结合复合物(VIII),

vi)通过使用亲和性基质(VII)从所述样品中富集所述复合物,以获得基质结合复合物(VIII),

vii)消化所述基质结合复合物(VIII)以获得(a)释放的肽(IX)和(b)结合在基质(X)上的糖肽,

viii)从所述基质(X)中释放结合的糖肽以获得释放的糖肽(XI),

ix)分析并定量所述释放的肽(IX)、(XI),以及

x)鉴定所述配体与所述靶糖蛋白受体之间的所述相互作用。

7.根据权利要求6所述的方法,其中,所述分析并定量所述释放的肽(IX)、(XI)是通过高质量精度质谱实现的。

8.根据权利要求6所述的方法,其中,所述鉴定所述配体与所述靶糖蛋白受体之间的所述相互作用是通过与对照反应的定量比较实现的。

9.根据权利要求5-8中的任一项所述的方法,其中,所述靶标(III)是在溶液中或是在细胞的表面上。

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