[发明专利]分子克隆提取和验证方法

说明书

本发明提供了一种提取和表征分子克隆的方法。所述方法包括：提供其上形成有分子克隆的基板；以非接触的方式对所述分子克隆中所需要的那些施加能量并从所述基板上提取所需要的分子克隆；将DNA条形码与所提取的分子克隆的碱基序列化学连接；并通过平行测序分析技术分析DNA条形码所连接的碱基序列。

技术领域

本公开涉及提取和表征分子克隆的方法。

背景技术

抗体是由抗原(例如，病毒和细菌)刺激体内免疫应答而产生的糖蛋白，其特异性结合抗原以诱导细胞外刺激。抗体以高选择性与特定蛋白结合。由于这个原因，抗体在生物学、生物技术和医学领域具有很高的实用性，包括从与目标蛋白标记/观察相关的基础研究到与患者体内异常蛋白活性调节有关的医学应用。特别是，抗体作为抗体药物缀合物(ADC)和嵌合抗原受体-T细胞(CART)治疗剂等下一代新药物平台的应用在近来的新药物开发中不断增加。

一般而言，抗体的有用性取决于它们与靶蛋白结合的能力和特异性。在此，特异性是指抗体结合靶蛋白但不结合其他蛋白的性质。这种结合性质来自抗体的三级结构特征。抗体的三级结构根据抗体的氨基酸序列的变化而改变。通过改变与抗体的特定氨基酸残基对应的脱氧核糖核酸(DNA)序列来修饰抗体的三级结构，和对结构修饰的抗体的表征是抗体工程领域中广泛使用的方法学。这些方法需要对抗体进行测序的技术和选择具有特定序列的DNA分子的技术，这些分子在抗体开发的整个过程中占据非常重要的位置。

通常，通过克隆和Sanger测序来完成抗体的测序和对所需抗体的DNA的选择。但是，它们非常耗费成本和时间，使得难以开发抗体。为了解决这些问题，已经提出了基于下一代测序(NGS)的方法。但是，这些方法只能分析短序列，这限制了它们的实际应用。本发明人进行了研究以克服上述技术限制并以低成本对抗体进行测序。因此，本发明人提出了快速提取分子克隆并在使用分子克隆之前基于DNA条形码和下一代测序(NGS)对分子克隆进行测序的方法。

发明内容

解决问题的方法

本公开提供了用于表征单独分离的分子克隆的方法和系统。传统上，Sanger测序被用作分子克隆测序的工具。近年来，下一代测序已被用于生物学、生物技术和相关领域以及各行各业的各种应用。然而，从经济角度来看，分子克隆的下一代测序的有效性并不令人满意。

根据本发明的一个方面，提供了一种提取和表征分子克隆的方法，所述方法包括：提供其上形成有分子克隆的基板；对所述分子克隆中所需要的那些分子克隆以非接触的方式施加能量从而从所述基板上提取所需要的分子克隆；将DNA条形码与所提取的分子克隆的序列化学连接；并通过平行测序确定DNA条形码连接的序列。

对所需要的分子克隆的非接触提取使得能够快速提取分子克隆，并且不要求使用耗材，因此可以使提取成本最小化。另外，具有已知序列的DNA条形码与分子克隆的接附提供了关于相应分子克隆位置的信息，使得能够通过下一代测序对分子克隆进行测序。根据本公开的方法，可以使用下一代测序替代Sanger测序，从而能够以大幅降低的成本大规模快速分析分子克隆。因此，本公开的方法使得能够以低成本合成DNA核苷酸，并因此预期有助基因合成领域的技术发展。

附图说明

图1是示出根据本公开的一个实施方式的提取和表征分子克隆的方法的流程图。

图2是示出根据本公开的一个实施方式的分子克隆提取和分析方法的示意过程流程图。

图3显示根据本公开的一个实施方式的emPCR产物的图。

图4显示根据本公开的一个实施方式的分子克隆的形状和布置。

图5和6是根据本公开的一个实施方式的分子克隆提取系统的示意图。

图7示出根据本公开的示例性实施方式的提取分子克隆的各种过程的示意图。