[发明专利]使用经破碎的核苷酸的高通量多重测序确定基因拷贝数

权利要求书

1.测序文库组合物，其包含至少100000个不同嵌合基因组核酸片段的第一混合物，其中在所述混合物中至少50％的嵌合基因组核酸片段的长度为250至700个碱基对，其中所述混合物中的每个不同片段包含随机连接的DNA区段，其中片段中的每个DNA区段是长度为至少27个碱基对的核酸分子，由单个基因组的随机片段化产生，其中在所述至少100000个不同的片段中至少50%的所述区段的长度为30-50个碱基对。

2.根据权利要求1所述的测序文库组合物，其中在所述混合物中至少50％的嵌合基因组核酸片段的长度为400至500个碱基对。

3.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，其中不同嵌合基因组核酸片段的所述混合物包含由奇数个区段组成的片段，和/或

其中嵌合基因组核酸片段的所述混合物包含连接的区段，所述连接的区段的两个连接点形成除限制酶识别位点外的序列。

4.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，所述测序文库组合物还包含被连接至嵌合基因组核酸片段的末端的接头序列，和/或

包含用于扩增的引物结合位点。

5.根据权利要求4所述的测序文库组合物，其中被连接至嵌合基因组核酸片段的末端的接头序列包含条形码，所述条形码鉴别所述片段的基因组来源。

6.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，所述测序文库组合物包含经扩增的连接有接头序列的嵌合基因组核酸片段。

7.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，所述测序文库组合物还包含不同嵌合基因组核酸片段的第二混合物，其中片段的第二混合物从与第一混合物不同的基因组获得，

其中嵌合基因组核酸片段的每种混合物包含具有测序接头的片段，所述测序接头包含仅连接至该种混合物内的片段的独特条形码，使得可以多元化混合物的集合。

8.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，所述测序文库组合物还包含不同嵌合基因组核酸片段的多种混合物的集合，其中所述集合中片段的每种混合物获自不同于集合中任何其他混合物的基因组，

其中嵌合基因组核酸片段的每种混合物包含具有测序接头的片段，所述测序接头包含仅连接至该种混合物内的片段的独特条形码，使得可以多元化混合物的集合。

9.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，其中基因组核酸是从细胞、组织或血液中提取的。

10.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，其中基因组核酸是从肿瘤中提取的。

11.根据权利要求1-2中任一项所述的测序文库组合物，其中基因组核酸是从细胞系中提取的。

12.获得权利要求1所述的测序文库组合物的方法，所述方法包括

i)对单个基因组进行随机片段化以获得来自所述基因组的随机区段；

ii)按尺寸选择长度30-50个碱基对的区段的子集；

iii)对来自步骤ii)的区段进行连接以产生不同嵌合基因组核酸片段。

13.根据权利要求12所述的方法，其中使用珠纯化来选择区段的子集。

14.根据权利要求12所述的方法，其中在步骤i)中机械剪切基因组核酸以获得随机片段化的DNA区段，和/或

所述方法还包括对基因组核酸的区段进行酶促消化。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述机械剪切是通过超声处理进行的。