[发明专利]诊断莱姆病并用于预测治疗后莱姆病螺旋体消除的组合物和方法

说明书

提供组合物和方法，用于对莱姆病(LD)进行检测、诊断和预后，包括确认疏螺旋体(Borrelia spp.)感染的方法，所述方法通过如下方式进行：在体外使来自疑似患有LD的对象的全血样品与多种合成肽接触，所述合成肽包含源自在莱姆病的不同阶段表达的疏螺旋体蛋白的含T细胞表位的区域，和，通过测定响应所述肽的刺激而产生的T细胞免疫应答指示物(例如，干扰素‑γ)的生成来间接地检测LD特异性活化的T细胞。还公开了用于预测已经历LD治疗的LD患者中LD螺旋体的消除的方法，所述方法通过如下方式进行：使来自所述对象的全血样品与包含在莱姆病的不同阶段表达的疏螺旋体蛋白的特定T细胞表位区域的肽接触，和，通过可检测的T细胞免疫应答指示物(例如，干扰素‑γ)的缺乏来确认该样品中缺乏疏螺旋体特异性活化的T细胞。

序列表声明

与本申请相关的序列表以文本形式代替纸质版提供，并且因此通过引用纳入说明书。包含序列表的文本文件名称为770025_466WO_SEQUENCE_LISTING.txt。该文本文件为约12.3KB，其在2016年9月14日生成，并且通过EFS-Web电子提交。

背景

技术领域

本公开文本一般涉及用于诊断莱姆病和用于评估莱姆病治疗的功效的组合物和方法。更具体地，提供含多个T细胞表位的肽，其源自在莱姆病的不同阶段表达的不同疏螺旋体多肽抗原，所述肽用于针对疏螺旋体特异性T细胞反应性的灵敏二次体外免疫应答试验。

相关领域描述

莱姆病(Lyme disease)是蜱传播的感染性疾病，由疏螺旋体(Borrelia)属的致病性螺旋体，包括伯氏疏螺旋体(B.burgdorferi)、阿弗西尼疏螺旋体(B.afzelii)、伽氏疏螺旋体(B.garinii)和其它疏螺旋体(Borrelia spp.)所致。感染性微生物从蜱唾液传输进入叮咬创口，而“早期局部化”阶段，三个确定的疾病临床阶段中的第一个，通常在蜱叮咬的两周内出现。早期局部化阶段通常但并不总是伴随着游走性红斑(EM)，一种处于蜱叮咬位置处的红斑状皮肤损伤。随着感染性疏螺旋体细菌通过血液和/或淋巴循环全身性地散布，疾病进展至第二阶段，“早期散播性”阶段，并可能伴随其它皮肤损伤、疲劳、肌痛、关节痛、神经和心脏症状中的一种或多种。若不治疗，那么该疾病可能进一步进展至“晚期阶段”莱姆病，特征是关节炎、脑脊髓炎和/或周围神经病变，以及可能出现的其它症状，包括慢性莱姆病。美国每年报告约25,000至30,00例莱姆病，而鉴于不完全报告，CDC估计的实际发病率达该数量的十倍；欧洲和亚洲也已报告其它病例(Wright等,2012Am.Fam.Physician 85:1086；Shapiro,2014N.Engl.J.Med.370:1724)。

疏螺旋体(Borrelia spp.)抗原性蛋白表达的改变的概况伴随莱姆病进程的发展，并且被视为构成免疫侵入机制的基础，这可能导致慢性莱姆病(例如，Drecktrah等,2013PLoS One 8(7):e68799；Schmit等,2011Front.Microbiol.2:141；Salo等,2011J.Infect.Dis.204:65；Liang等,2004Infect.Immun.72:5759；Aberer,2007J.Dtsch.Dermatol.Ges.5(5):406)。

莱姆病(LD)的有效治疗取决于对由疏螺旋体(Borrelia spp.)引起的早期感染的准确检测。在一些情况中，当疾病仍处于早期局部阶段时，特征性的游走性红斑(EM)皮肤损伤的存在足够做出准确诊断(例如，Nadelman等,1996Am J Med 100:502-508)。然而，绝大数量的患者，并没有发展EM损伤，或该皮疹持续检测不出或被错误辨识。在这些情况中，检测抗疏螺旋体IgM和/或IgG抗体应答的传统血清学测试是使用最为广泛的操作，用以确认该疾病(例如，Dattwyler等,2010Clin Infect Dis 50:521-522；Johnson等,1996J.Infect.Dis.174:346)。