[发明专利]PCR结果可视化工具

说明书

在若干实施例中，可提供用于可视化从一个或多个反应装置、芯片或反应位点生成之数据的方法或系统。在散点图上可显示指示来自核酸扩增之结果的数据点，其中所述核酸扩增包括第一靶标和第二靶标，并且所述数据点指定为指示所述第一靶标、第二靶标、第一靶标和第二靶标或非所述第一靶标和第二靶标的扩增。响应用户输入，可改变用于指定所述数据点的可调阈值。以及，响应所述改变，可变更指定以及对一个或多个所述数据点之所述指定的显示，所述数据点的指定基于所述改变的阈值而作变更。

背景技术

用于生物反应和生化反应的系统已经用来实时监测、测量和/或分析此类反应。此类系统通常用于测序、基因分型、聚合酶链反应(PCR)和其他生化反应以监测进程并且提供定量数据。

目前，对每次测试或实验提供更多数目反应之日益增长的需求已经产生了能够同步进行更高数目反应的仪器。测试或实验中采样点数目的增加已经导致微量滴定板以及提供更小样本体积的其他采样格式。另外，例如数字PCR(dPCR)等技术已经增长了对在大量测试样本的所有或大部分中容纳或者零个或者一个靶核苷酸序列的更小样本体积的需求。

数字PCR可以用来对稀有等位基因的浓度进行检测并定量，以提供核酸样本的绝对定量并且测量核酸浓度中的低倍数变化。增加dPCR反应的分区可提高dPCR结果的准确性和重现性。

在dPCR中，含有相对少量靶多核苷酸或核苷酸序列的溶液可以被细分成大量的小测试样本，使得每一样本一般或者含有所述靶核苷酸序列的一或多个分子或者不含有任何所述靶核苷酸序列。当所述样本随后在PCR方案、程序或实验中经过热循环时，含有靶核苷酸序列的所述样本被扩增并产生阳性检测信号，而不含有靶核苷酸序列的所述样本未被扩增且不产生检测信号。

为进一步分析，从dPCR实验中收集的所述数据对于以对用户有用的方式进行分析和可视化是具有挑战性的，并且要进行定量则更具挑战性，特别是在处理偶然事件时。

发明概述

在若干实施例中，可呈现用于可视化从一个或多个反应装置、芯片或反应位点生成之数据的方法或系统。在散点图上可显示指示来自核酸扩增之结果的数据点，其中所述核酸扩增包含第一靶标和第二靶标，并且所述数据点指定为指示所述第一靶标、第二靶标、第一靶标和第二靶标或非所述第一靶标和第二靶标的扩增。响应用户输入，可改变用于指定所述数据点的可调阈值。以及，响应所述改变，可变更指定以及对一个或多个所述数据点之所述指定的显示，所述数据点的指定基于所述改变的阈值而作变更。

附图说明

图1示出可实现本文所述各种实施例的一种示例性计算系统。

图2示出根据各种实施例包含反应位点的一种芯片，数据从所述反应位点收集并可视化。

图3示出根据各种实施例的一种数据可视化，所述数据可视化具有生成的芯片缩略图和生成的群集图。

图4示出根据各种实施例的一种数据可视化，所述数据可视化具有生成的芯片热图和生成的群集图。

图5示出根据各种实施例的一种数据可视化，所述数据可视化具有生成的芯片热图和生成的群集图。

图6示出根据各种实施例的一种数据可视化，所述数据可视化具有生成的芯片热图和生成的群集图。

图7示出根据各种实施例的一种数据可视化，所述数据可视化具有生成的芯片热图和生成的群集图。

图8A-B示出根据各种实施例的一种数据可视化，所述数据可视化具有生成的芯片缩略图和生成的群集图。

图9示出根据各种实施例之荧光值的一个直方图和来自多个数据点的一个群集图。

图10示出根据各种实施例的一种数据可视化，所述数据可视化具有一个生成的芯片热图和一个生成的直方图。