[发明专利]用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质

说明书

为罹患癌症的患者提供改进的治疗方法。该方法鉴定肿瘤是否将对包含抗‑Her2治疗剂的治疗方案的治疗产生应答。通过SRM质谱直接在从肿瘤组织所收集的肿瘤细胞中对特定Her2片段肽进行精确定量，所述肿瘤组织获自癌症患者，并与参考水平进行比较，以确定癌症患者是否将对采用特异性靶向Her2蛋白质的治疗剂的治疗产生积极应答。

本申请要求2015年5月29日提交的美国临时申请第62/168,709号和2016年3月18日提交的美国临时申请第62/310,639号的优先权，每篇申请的题目均为“用于最优癌症治疗的定量Her2蛋白质”。本申请还包含通过EFS-网站以电子方式提交的序列表，该序列表作为纸件副本和计算机可读格式(CRF)，并由一个标题为“001152_8047_US02_SEQ_LISTING”的文件组成，该文件于2016年5月31日创建，其大小为444字节，并且其全部内容通过引用并入本文中。

引言

提供了通过分析来自患者的肿瘤组织以及识别那些最有可能对采用抗Her2治疗剂的治疗有应答的患者来治疗癌症患者的方法。通过定量来自全长Her2蛋白质的子序列(也称为Neu原癌基因、c-ErbB-2、酪氨酸激酶型细胞表面受体HER2、p185erbB2和CD340)的特定肽，来确定肿瘤组织中Her2的表达水平，并将该水平与参考水平进行比较。如果Her2的表达水平高于参考水平，则采用包含至少一种抗Her2治疗剂的方案治疗患者，而如果所述水平低于参考水平，则采用不包含抗Her2剂的方案治疗患者。

使用基于质谱的选择性应监测(SRM)，也称为多重反应监测(MRM)，其在本文中称为SRM/MRM测定，来检测特定的肽。使用SRM/MRM测定来直接检测从癌症患者组织(例如福尔马林固定的癌组织)获得的细胞中存在的特定Her2片段肽以及定量地测量特定Her2片段肽的含量。肽的含量允许定量肿瘤样品中完整Her2蛋白质的含量。基于在其癌细胞中存在多少Her2蛋白质，可使用特定和优化的治疗剂和治疗策略来治疗个体癌症患者的疾病。

发明内容

提供了用于治疗患有癌症的患者的方法。所述方法包括以下步骤：

(a)定量由获自患者的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定Her2片段肽的水平，并通过选择反应监测使用质谱来计算所述样品中Her2肽的水平；

(b)将所述Her2片段肽的水平与参考水平进行比较，以及

(c)当所述Her2片段肽的水平高于所述参考水平时，采用包含有效量的抗-Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗，或

(d)当所述Her2片段肽的水平低于所述参考水平时，采用不包含有效量的抗-Her2治疗剂的治疗方案对患者进行治疗。

所述参考水平约为分析的生物样品蛋白质的1825amol/μg、+/-250amol/μg、+/-150amol/μg、+/-100amol/μg、+/-50amol/μg、±25amol/μg，并且所述癌症可以是，例如，妇科癌症、食道癌、胆囊癌、胰腺癌、乳腺癌或肺癌。优选地，所述癌症是胃癌。

所述生物样品的蛋白质消化物可以通过Liquid Tissue方案制备。所述蛋白质消化物可以包含蛋白酶消化物，例如，胰蛋白酶消化物。

所述质谱的方法可以包括串联质谱法、离子阱质谱法、三重四极质谱法、MALDI-TOF质谱法、MALDI质谱法、混合离子阱/四极质谱法和/或飞行时间质谱法。

所使用的质谱的模式可以为，例如，选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。在这些方法中，所述特定Her2肽可以具有如SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列。