[发明专利]对治疗剂和疾病特异性抗原进行测序、确定、配对和验证的方法

权利要求书

1.一种用于对肿瘤浸润性淋巴细胞（TIL）测序，并从所述TIL细胞中选择免疫球蛋白(Ig)多核苷酸序列或T细胞受体（TCR）多核苷酸序列的非诊断目的的方法，其包括：

（a）形成多个包含以下的容器：

(i)来自第一受试者的生物样品的单个TIL细胞或非TIL细胞，其中所述TIL细胞和非TIL细胞不在测序之前进行分选；

(ii) 多个分子条码化多核苷酸；和

(iii) 容器条码化多核苷酸；

（b）产生第一互补多核苷酸，所述第一互补多核苷酸与来自所述单个细胞的编码Ig多肽或TCR多肽的第一多核苷酸互补，并产生第二互补多核苷酸，所述第二互补多核苷酸与来自所述单个细胞的编码Ig多肽或TCR多肽的第二多核苷酸互补；

（c）将所述多个分子条码化多核苷酸中的第一分子条码化多核苷酸附接至第一互补多核苷酸，并将所述多个分子条码化多核苷酸中的第二分子条码化多核苷酸附接至第二互补多核苷酸，从而形成第一TIL或非TIL单条码化多核苷酸和第二TIL或非TIL单条码化多核苷酸；

（d）将所述容器条码化多核苷酸或其扩增产物附接至所述第一TIL或非TIL单条码化多核苷酸和所述第二TIL或非TIL单条码化多核苷酸，从而形成第一和第二双条码化序列的文库；

（e） 对以下测序：

来自所述TIL细胞或非TIL细胞的所述编码Ig多肽或TCR多肽的多核苷酸、被附接的分子条码化多核苷酸和所述容器条码化多核苷酸或所述容器条码化多核苷酸的扩增产物，

从而获得序列信息；和

（f）基于所述序列信息从所述TIL细胞中选择Ig多核苷酸序列或TCR多核苷酸序列，

其中选择所述Ig多核苷酸序列或TCR多核苷酸序列基于以下：

(i) 所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸的表达水平，

(ii) 所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸的种系序列的突变模式或突变水平，

(iii) 所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸在所述序列信息中的存在，以及所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸在来自正常细胞的一组序列信息中的不存在，

(iv) 所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸在所述序列信息中的富集，以及所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸在来自正常细胞的一组序列信息中的不存在，

(v) 所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸在所述序列信息中的同种型谱；

(vi) 所述序列信息中所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸的系统发生簇或其大小；

(vii)所述序列信息中所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸与来自患病生物样品的一组序列信息的序列之间的相似性；或

(Viii) 所述序列信息中所述Ig多核苷酸或TCR多核苷酸与来自正常生物样品的一组序列信息的序列之间缺乏相似性。