[发明专利]比对和变体测序分析管线

权利要求书

1.一种通过一个或多个电子处理器处理原始测序数据的方法，其中所述方法包括：

(a) 从核酸测序仪获得原始测序数据，其中所述原始测序数据是从核酸样品产生的，其中使用一个或多个生物素化的RNA诱饵对所述核酸样品中的一个或多个感兴趣的基因进行外显子捕获；

(b) 从原始测序数据中去除未通过质量过滤器的低质量读段；

(c) 从经过滤的原始测序数据中修剪掉衔接子和分子鉴别序列；

(d) 将经过滤的原始测序数据映射到基因组参考序列以生成映射的读段；

(e) 对映射的读段进行排序和索引；

(f) 将所述读段添加到数据文件以生成经处理的序列文件；

(g) 创建重新比对目标；

(h) 进行经处理的序列文件的局部重新比对以生成重新比对的序列文件；

(i) 从重新比对的序列文件中去除重复读段；

(j) 分析感兴趣的编码区；和

(k) 基于步骤(j)中的分析，生成鉴定变体是否存在的报告，

其中使用改良的Smith-Waterman局部重新比对工具来进行步骤(g)和(h)，所述改良的Smith-Waterman局部重新比对工具限于对所述一个或多个基因内的感兴趣核酸区域进行重新比对，其中所述感兴趣核酸区域由所述一个或多个基因的编码外显子+/-50个碱基组成，所述基因选自BRCA1或BRCA2，其中所述局部重新比对不包括碱基质量分数重新校准，其中使用改良的基因组分析工具包变体判读器进行变体判读，其中将读段映射到基因组参考序列是用Burrows Wheeler Aligner进行的，

其中所述通过一个或多个电子处理器处理原始测序数据的方法用于非诊断目的。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分析感兴趣的编码区包括判读感兴趣区域中的每个位置处的变体。

3.根据权利要求1所述的方法，所述将读段映射到基因组参考序列不包括软剪切。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因组参考序列是GRCh37.1人类基因组参考序列。

5.根据权利要求1所述的方法，其中从核酸测序仪获得原始测序数据的方法包括使用乳液PCR、滚环扩增或固相扩增的步骤。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述固相扩增是克隆桥扩增。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸是从生物样品中提取的。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物样品是流体或组织样品。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物样品是血液样品。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸是基因组DNA。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸是从mRNA反转录的cDNA。

12.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括在测序前由核酸测序仪制备核酸，其中通过实施以下步骤制备所述核酸：

(a) 剪切核酸样品；

(b) 浓缩核酸样品；

(c)对剪切的核酸样品中的核酸分子进行大小选择；

(d) 使用DNA聚合酶修复样品中核酸分子的末端；

(e) 使核酸分子附接一个或多个衔接子序列；

(f) 扩增核酸以增加具有附接的衔接子序列的核酸的比例；

(g) 富集核酸样品中一个或多个感兴趣的基因；和

(h)在即将测序之前定量核酸样品。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述一个或多个衔接子序列包括用于引发测序反应和/或核酸扩增反应的核酸序列。