[发明专利]用于全转录组扩增的方法和组合物

权利要求书

1.一种用于对来自样品的多个靶标进行标记的方法，所述方法包括：

将来自所述样品的所述多个靶标与多个核酸杂交，所述多个核酸中的每一个包含第一通用标记；

延伸所述多个核酸以产生多个第一链多核苷酸；

使用所述多个第一链多核苷酸作为模板合成多个第二链多核苷酸，以产生多个双链多核苷酸；

将衔接子连接到所述多个双链多核苷酸，其中所述衔接子包含第二通用标记，其中所述第二通用标记与所述第一通用标记是至多99％一致的，并且其中所述第二通用标记能够在至少50％的所述第一通用标记上与所述第一通用标记杂交；并且

使用所述第一通用标记和所述第二通用标记扩增所述多个双链多核苷酸，从而产生包含所述多个靶标的多个扩增子。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述多个核酸中的每一个包含随机条形码。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述随机条形码包括分子标记、细胞标记、靶标特异性区域或其任何组合。

4.如权利要求3所述的方法，其中所述靶标特异性区域包含寡聚dT序列、随机序列、靶标特异性序列或其任何组合。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述多个靶标是DNA。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述多个靶标是mRNA。

7.如权利要求6所述的方法，其中合成所述多个第二链多核苷酸包括用RNA酶切割所述多个mRNA，从而产生一个或多个mRNA引物。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述RNA酶是RNaseH。

9.如权利要求7所述的方法，其中所述一个或多个mRNA引物中的至少一个的长度为至少15个核苷酸。

10.如权利要求7所述的方法，还包括用聚合酶延伸所述一个或多个mRNA引物，从而产生延伸的区段。

11.如权利要求10所述的方法，其中所述聚合酶具有5'-3'外切核酸酶活性。

12.如权利要求10所述的方法，其中所述聚合酶包括DNA PolI。

13.如权利要求10所述的方法，还包括用连接酶连接所述延伸的区段，从而产生第二链多核苷酸。

14.如权利要求7所述的方法，还包括用链置换聚合酶延伸所述一个或多个mRNA引物，从而产生延伸的第二链。

15.如权利要求14所述的方法，还包括从所述延伸的第二链去除所述一个或多个mRNA引物。

16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述多个靶标是来自单个细胞的核酸。

17.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述多个扩增子包含全转录组扩增(WTA)产物。

18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述衔接子是双链多核苷酸。

19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述衔接子包含AsiSI位点。

20.如权利要求1-19中任一项所述的方法，其中所述衔接子是部分双链的多核苷酸。

21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，还包括使所述多个双链多核苷酸中的至少一个平端化。