[发明专利]用于制备优化的治疗分子的方法

权利要求书

1.设计用于优化第一前导免疫球蛋白的生物学性质的免疫球蛋白文库的方法，所述方法包括：

α) 生成并且测序包括第一前导免疫球蛋白和一种或多种相关免疫球蛋白在内的多种免疫球蛋白，其中所述多种免疫球蛋白通过用靶抗原免疫非人哺乳动物产生；

β) 基于一种或多种所需性质鉴定第一前导免疫球蛋白；

a)鉴别常见谱系的并且与所述第一前导免疫球蛋白结合相同的靶抗原的一种或多种相关免疫球蛋白，所述一种或多种相关免疫球蛋白与所述第一前导免疫球蛋白相关，各免疫球蛋白针对靶抗原通过用所述靶抗原使包含人免疫球蛋白基因的转基因非人哺乳动物免疫而产生，和所述一种或多种相关免疫球蛋白来自转基因非人哺乳动物中种系序列的体细胞超突变的相同种系序列；

b)比较所述第一前导免疫球蛋白和所述一种或多种相关免疫球蛋白的氨基酸序列；

c)基于所述序列比较鉴别(i)所述第一前导免疫球蛋白和所述一种或多种相关免疫球蛋白之间，和/或(ii)在所述一种或多种相关免疫球蛋白是多种免疫球蛋白的情况下，所述多种免疫球蛋白之间，存在变体氨基酸残基的一个或多个位点，

其中存在变体氨基酸残基的所述一个或多个位点包括在免疫应答中靶向的体细胞超突变热点，其是用于修饰所述第一前导免疫球蛋白的潜在位点；

d)基于所述序列比较选择用于修饰以用所述相关免疫球蛋白中的一种或多种的相应变体氨基酸替换所述第一前导免疫球蛋白的氨基酸的一个或多个位点；并且

e)基于在所选择的用于修饰的位点中的一个或多个处被修饰的所述第一前导免疫球蛋白的序列生成用于所述文库的变体免疫球蛋白序列。

2.权利要求1所述的方法，其中所述多种相关免疫球蛋白包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、或25种相关免疫球蛋白。

3.权利要求1所述的方法，其中步骤c)包括鉴别在所述第一前导免疫球蛋白序列的CDR内的用于修饰的位点，其中如果在所述相关免疫球蛋白中的至少一种、两种、三种、四种、或五种中存在变体氨基酸残基，则所述CDR内的位点被认为是用于修饰的位点。

4.权利要求1所述的方法，其中步骤c)还包括鉴别在所述第一前导免疫球蛋白序列的CDR外的用于修饰的位点，其中如果在所述相关免疫球蛋白中的至少20%中存在变体氨基酸残基，则在所述CDR外的位点被认为是用于修饰的位点。

5.权利要求4所述的方法，其中如果修饰本将被鉴别为是用于修饰的位点的所述CDR外的位点将导致向变体免疫球蛋白序列中引入以下特征中的一个或多个，则所述位点不被鉴别为是用于修饰的位点：(i)未配对的半胱氨酸，(ii)氧化位点，(iii)糖基化位点，(iv)脱酰胺位点，和(v)异构化位点。

6.权利要求1所述的方法，其中在步骤d)中选择的序列包括反映在所述用于修饰的位点处的修饰的每种可能的组合的变体序列。

7.权利要求1所述的方法，其中在所述用于修饰的位点处的所述修饰仅包括保守性氨基酸置换。

8.权利要求1所述的方法，其中所述变体免疫球蛋白序列不包含在所述用于修饰的位点外的修饰。

9.权利要求1所述的方法，其中步骤e)还包括生成另外的变体免疫球蛋白序列，其中所述序列在选择的用于修饰的位点中的一个或多个处被进一步修饰以用针对相应的变体氨基酸的保守性氨基酸替换来替换所述第一前导免疫球蛋白的氨基酸。

10.权利要求1所述的方法，其中步骤e)还包括生成另外的变体免疫球蛋白序列，其中所述序列在选择的用于修饰的位点中的一个或多个处被进一步修饰，以用未在所述相关免疫球蛋白的相应残基处发现的氨基酸来替换所述第一前导免疫球蛋白的氨基酸。

11.权利要求1所述的方法，所述方法还包括步骤f)生成包含具有在步骤e)中生成的序列的免疫球蛋白的免疫球蛋白文库。