[发明专利]霍山石斛特异性分子标记及其检测方法

权利要求书

1.一种鉴定或辅助鉴定霍山石斛的方法，包括如下步骤：提取待测样本的基因组DNA，以待测样本的基因组DNA为模板，采用引物HSSH-1.F和引物HSSH-1.R组成的引物对进行PCR扩增，如果扩增产物中含有200bp-300bp的DNA片段，待测样本为或候选为霍山石斛，如果扩增产物中不含有200bp-300bp的DNA片段，待测样本为或候选为非霍山石斛；

所述引物HSSH-1.F为序列表的序列2所示的单链DNA分子；

所述引物HSSH-1.R为序列表的序列3所示的单链DNA分子。

2.一种鉴定或辅助鉴定霍山石斛的方法，包括如下步骤：检测待测样本的基因组DNA中特异SNP位点的基因型，如果所述特异SNP位点的基因型为GG基因型，待测样本为或候选为霍山石斛，如果所述特异SNP位点的基因型为非GG基因型，待测样本为或候选为非霍山石斛；

所述特异SNP位点为石斛属植物基因组中序列表的序列1自5’末端第190位核苷酸。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：所述“检测待测样本的基因组DNA中特异SNP位点的基因型”的实现方法如下：提取待测样本的基因组DNA，以所述基因组DNA为模板，采用引物HSSH-1.F和引物HSSH-1.R组成的引物对进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行测序；

所述引物HSSH-1.F为序列表的序列2所示的单链DNA分子；

所述引物HSSH-1.R为列3所示的单链DNA分子。

4.一种检测石斛属植物的基因组DNA中特异SNP位点的方法，包括如下步骤：提取待测样本的基因组DNA，以所述基因组DNA为模板，采用引物HSSH-1.F和引物HSSH-1.R组成的引物对进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行测序；

所述引物HSSH-1.F为序列表的序列2所示的单链DNA分子；

所述引物HSSH-1.R为序列表的序列3所示的单链DNA分子；

所述特异SNP位点为石斛属植物基因组中序列表的序列1自5’末端第190位核苷酸。

5.一种检测石斛属植物的基因组DNA中特异SNP位点的方法，包括如下步骤：提取待测样本的基因组DNA，以待测样本的基因组DNA为模板，采用引物HSSH-1.F和引物HSSH-1.R组成的引物对进行PCR扩增，如果扩增产物中含有200bp-300bp的DNA片段，待测样本的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为GG，如果扩增产物中不含有200bp-300bp的DNA片段，待测样本的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为非GG；

所述引物HSSH-1.F为序列表的序列2所示的单链DNA分子；

所述引物HSSH-1.R为序列表的序列3所示的单链DNA分子；

所述特异SNP位点为石斛属植物基因组中序列表的序列1自5’末端第190位核苷酸。

6.一种特异DNA分子，如序列表的序列1所示。

7.权利要求6所述的特异DNA分子在鉴定或辅助鉴定霍山石斛中的应用。

8.特异引物对，由引物HSSH-1.F和引物HSSH-1.R组成；

所述引物HSSH-1.F为序列表的序列2所示的单链DNA分子；

所述引物HSSH-1.R为序列表的序列3所示的单链DNA分子。

9.权利要求8所述特异引物对在鉴定或辅助鉴定霍山石斛中的应用。

10.含有权利要求8所述特异引物对的试剂盒；所述试剂盒的应用为鉴定或辅助鉴定霍山石斛。