[发明专利]一种基于发卡结构的目标区域捕获方法及其应用有效
| 申请号： | 201610877566.1 | 申请日： | 2016-09-30 |
| 公开（公告）号： | CN106399519B | 公开（公告）日： | 2019-07-26 |
| 发明（设计）人： | 郑卫国;卢文翔;涂慧珍;熊丽娟;朱淼;白云飞;朱毅华;顾万君 | 申请（专利权）人： | 南京迪康金诺生物技术有限公司;无锡中德美联生物技术有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 南京经纬专利商标代理有限公司 32200 | 代理人： | 余俊杰 |
| 地址： | 210019 江苏省南京*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 发卡结构 目标区域 上游引物 扩增 捕获 下游引物 引物 检测 捕获区域 捕获探针 技术合成 扩增产物 目标捕获 设计目标 特异性强 引物设计 基因组 灵敏度 全区域 引物组 低通 富集 应用 兼容 消化 | ||
1.一种基于发卡结构的目标区域捕获方法，其特征在于，包括以下步骤：
第1步、向包含目标捕获区域的基因组试样中，加入至少一条上游引物，进行单向扩增反应并形成发卡结构；
第2步、将第1步的单向扩增产物置于冰上，冷却；
第3步、采用单链DNA外切酶对第2步的非特异性扩增产物进行消化，并利用磁珠富集法进一步纯化，收集具有发卡结构的目标捕获序列；
第4步、向具有发卡结构的目标捕获序列中加入至少一条下游引物，进行富集扩增；
所述方法中采用的上游引物为SEQ ID NO:1～41，下游引物为SEQ ID NO:42～82；所述上游引物的5’端序列为目标捕获区域下游的反向互补序列，3’端为目标捕获区域上游特异性扩增序列；其中，上游引物的所述5’端序列的Tm值大于55℃；所述下游引物为上游引物中所述5’端序列。
2.根据权利要求1所述的一种基于发卡结构的目标区域捕获方法，其特征在于，所述上游引物5’端反向互补区域的Tm值为70～80℃，且大于3’端特异性扩增序列的Tm值。
3.根据权利要求1所述的一种基于发卡结构的目标区域捕获方法，其特征在于，所述单链DNA外切酶具有3’-5’ 核酸外切酶活性或5’-3’ 核酸外切酶活性。
4.根据权利要求1所述的一种基于发卡结构的目标区域捕获方法，其特征在于，所述单链DNA外切酶为核酸外切酶I、核酸外切酶T或核酸外切酶RecJ。
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