[发明专利]黄连木微卫星位点及引物和应用

说明书

本发明的目的是提供一种黄连木微卫星位点及引物和应用。本发明提供12个黄连木的微卫星位点，并从上述微卫星位点设计的引物，用于黄连木种群遗传多样性检测。本发明从黄连木基因组中利用磁珠富集法和荧光标记测序技术获得12个微卫星位点，并根据微卫星两端的侧翼序列设计特异性引物，扩增结果具有高度的多态性和稳定性，能用于黄连木的群遗传多样性检测、亲缘关系鉴定，遗传连锁图谱的构建以及分子标记辅助育种等领域。

技术领域

本发明涉及分子生物学DNA标记技术领域，特别涉及黄连木微卫星位点及引物和应用。

背景技术

黄连木(Pistacia chinensis Bunge)，隶属于漆树科(Anacardiaceae)黄连木属，雌雄异株，落叶乔木。黄连木性喜阳，族生，对干旱贫瘠具有一定的耐受性，易于栽培，在中国的分布较为广泛，在西北、华北、华东、中南、华南等地的23个省市区均有记载。黄连木不仅具有较高的观赏价值，而且具有较高的经济开发价值，其木材坚韧耐腐，属于上等的建筑、家具材料；其叶子、种子、树皮等均可入药；种子含油量高达35.05％，黄连木籽油不仅可以作为食用油，而且可以作为脂肪酸、润滑油和肥皂等产品的原料，更为重要的是作为一种生物柴油的重要来源之一，已受到越来越多的关注和研究。由于黄连木是可再生的绿色能源生物柴油的重要来源，并且具有很高的生态和经济价值，有关黄连木的研究也越来越受到重视，但对于黄连木的研究主要集中在生理、分布、能源开发等方面，有关分子生物水平，种质资源分析、群体遗传结构等方面的研究非常少。

微卫星(Microsatellite)，又称简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)，通常是由1-6个核苷酸为重复单位的核心序列和相对保守的侧翼序列组成。随着分子标记的发展，微卫星标记作为一种遗传稳定性好、信息量丰富、通用性强、共显性遗传等特点被广泛应用于种群遗传结构及遗传关系、遗传育种、图谱构建、种质资源鉴定等研究中。微卫星引物的获得途径大致可以分为从已发表的近缘种中筛选；从公共数据库中已发表的同种近缘种的序列中查找微卫星位点；从基因组DNA中通过构建文库的方法筛选微卫星位点。三种方法中通过构建文库的筛选微卫星位点的方法效率最高。本专利利用基于AFLP(扩增片段长度多态性，Amplified Fragment Length Polymorphism)的FIASCO(生物素-磁珠富集法，Fast Isolation by AFLP Sequences containing repeats)方法构建黄连木微卫星富集文库。

发明内容

本发明的目的是现有技术的不足，提供一种黄连木微卫星位点及多态性引物，即提供12个黄连木微卫星位点，以及相应的多态性微卫星引物，为黄连木物种有效性的鉴定、种群遗传多样性分析提供分子标记。

本发明通过磁珠杂交法从黄连木基因组DNA中筛选出6个微卫星序列，在GenBank登录号为KT780354-365，分别如SEQ ID NO：1～12。

微卫星序列还包括在严格条件下与上述的核苷酸序列杂交的，包含相同微卫星重复单位的核苷酸序列分子。

本发明的黄连木微卫星引物是从序列PC1、PC19、PC44、PC64、PC70、PC96、PC106、PC172、PC189、PC193、PC196、PC205的微卫星重复的侧翼序列上设计的正向、反向引物。

微卫星引物序列分别为SEQ ID NO：PC1F/R、PC19F/R、PC44F/R、PC64F/R、PC70F/R、PC96F/R、PC106F/R、PC172F/R、PC189F/R、PC193F/R、PC196F/R、PC205F/R。

微卫星位点，位点序列和对应的引物信息如表1：

表1黄连木微卫星引物开发得到的12对引物的基本特征