[发明专利]用于捕获血液病相关基因的基因捕获试剂盒

说明书

本发明提供一种血液病相关基因的基因捕获试剂盒。本发明的基因捕获试剂盒包括用于基因捕获的探针，所述用于基因捕获的探针包括针对目标基因的探针、以及针对内参基因的探针。根据本发明，在基于基因捕获测序的CNV检测中，即使在后期的数据处理中不使用背景数据库的情况下，也能够获得良好的检测结果。

技术领域

本发明属于分子体外诊断领域，具体涉及特别适用于血液病相关基因特定的结构变异的体外诊断的基因捕获试剂盒。

背景技术

血液病作为非实体瘤，其基因相关研究在癌症中处于领先定位，血液病相关基因的检测也是最早进入临床应用的。近年来，由于分子生物学技术的发展，对血液病细胞分子遗传学改变的了解也不断深入。迄今报道血液病涉及至少数十种融合基因。已经认识到大部分的血液病中存在着染色体结构畸变，包括缺失、重复、倒位、易位等，导致原癌基因及抑癌基因结构变异，原癌基因激活或抑癌基因失活，产生新的融合基因，编码融合蛋白。有些基因是调控细胞增殖、分化和凋亡的转录因子，当基因发生变异，直接影响了下游信号传递途径，导致细胞增殖能力增强、凋亡障碍、分化障碍等，产生血液病表型。随着血液病致病机理研究的深入和基因检测技术的发展，血液病的遗传物质改变研究经历了染色体核型分析(细胞遗传学)检测，融合基因基因检测到点突变和微小缺失重复检测。这三种不同维度的检测，逐步成为血液病诊治的依据和参考。

新一代高通量快速基因测序技术是国际上近十年发展起来的新技术，对于研究人类某些疾病的科学家来说，他们感兴趣的往往只是很小部分的基因组区域，因此选择性地对这些区域进行测序，将使测序总成本显著降低同时也能缩短测序时间。序列捕获技术是一种对基因组特定区域进行选择性富集的技术，其通过合适的方法将感兴趣的区域从基因组中分离出来，然后再对该目标区域进行测序，目标区域测序技术可以快速、全面地检测出目标基因突变。

基于杂交的序列捕获技术是目前在第二代测序平台中使用较多的序列富集方法，主要分为固相芯片杂交和液相杂交两种。液相杂交技术是制备杂交探针库，对目标基因进行富集，液相杂交在动力学上相对固相杂交更具优势，能降低对于样品起始量要求。

基因的拷贝数变异(Copy Number Variation，CNV)是一类在临床上非常重要的结构变异，与血液病的诊断、预后、靶向药物的敏感性相关。可靠的CNV检测结果可以为诊断、临床用药以及病情评估等提供十分重要的依据。

基于新一代测序(Next-Generation Sequencing，NGS)平台的CNV检测，可以在保证检测性能的前提下一次性给出多个基因的CNV检测结果，同时对于低纯度肿瘤样本有更好的检测效果。

传统的基于NGS平台的CNV检测使用全基因组低深度测序数据。随着NGS技术的不断进步，基于目标区域捕获的高深度测序技术在临床检测的应用场景下逐渐表现出优势。

对于基于NGS平台的CNV检测而言，需要在后期的数据处理中引入背景数据库。这种引入背景数据库的数据处理方式存在下述缺点：1.背景数据库一般获得自健康正常人的目标基因测序数据，需要单独建立，成本高；2.背景数据库受建立时的实验条件、测序平台的影响大，如何确保获得目标基因测序数据时的实验条件、测序平台与建立背景数据库时的实验条件、测序平台的一致性是一个难题；3.对于全基因组测序这种偏好性相对较小的数据而言，背景库的建立过于繁琐。

发明内容

鉴于上述现有技术中存在的不足，本发明的目的在于提供一种新的基因捕获试剂盒，如果在基于基因捕获测序的血液病相关基因的CNV检测中，使用该基因捕获试剂盒进行基因捕获，则即使在后期的数据处理中不使用背景数据库的情况下，仍能够获得良好的检测结果。

本发明人为解决上述问题进行了深入研究，结果发现：通过在基于基因捕获测序的血液病相关基因的CNV检测中，使用包含针对内参基因的探针的基因捕获试剂盒，即使在后期的数据处理中不使用背景数据库的情况下，也能够获得良好的检测结果，从而完成了本发明。需要说明的是，在本说明书中，特定的结构变异是指基因拷贝数变异、大片段重排或部分串联重复。