[发明专利]一种药物的长非编码RNA靶点预测方法和系统

说明书

本发明涉及一种药物的长非编码RNA靶点预测方法和系统。该方法包括：1)通过分析长非编码RNA和基因的表达数据构建长非编码RNA和基因的共表达关系，并通过机器学习方法预测长非编码RNA的调控基因集合；2)通过分析药物作用下的基因表达数据构建对药物敏感的基因集合；3)通过最优化方法建立长非编码RNA的调控基因和药物敏感基因的联系，进而预测药物的长非编码RNA靶点。该系统包括数据收集模块、数据集构建模块、数据建模模块。本发明建立了一种全新的基于最优化模型的药物长非编码RNA靶点的识别框架和计算系统，能够有效预测药物长非编码RNA靶点。

技术领域

本发明属于生物技术、信息技术领域，具体涉及一种药物的长非编码RNA靶点预测方法和系统。

背景技术

非编码RNA(non-coding RNA：ncRNA)是指那些不编码蛋白质的RNA分子。研究表明，约75％的人类基因组转录成为RNA，而只有3％的RNA分子编码蛋白质(参考文献Pennisi,E.Genomics.(2012)ENCODE project writes eulogy for junk DNA.Science337,1159-1161.)，这说明存在着大量的非编码RNA分子。大量的生物实验证实了非编码RNA对编码蛋白质的基因的重要调控作用(参考文献Mattick,J.S.(2009)The geneticsignatures of noncoding RNAs.PLoS Genet.5,e1000459.)。相对于广泛研究的小RNA(microRNA(miRNA)：长度在22个核苷酸左右的非编码RNA)，长非编码RNA(long non-codingRNA(lncRNA)：长度大于200个核苷酸的非编码RNA)由于其在表观遗传、转录、后转录水平对基因的重要调控作用，近年来备受学者们关注(参考文献Yuan,JH et al.(2014)A longnoncoding RNA activated by TGF-beta promotes the invasion-metastasis cascadein hepatocellular carcinoma.Cancer Cell,25,666-681.)。此外，对长非编码RNA生理功能的深入研究表明，长非编码RNA的变异和功能的缺失与疾病特别是癌症的发生发展关系密切(参考文献Gutschner,T.and Diederichs,S.(2012)The hallmarks of cancer:along non-coding RNA point of view.RNA Biol.,9,703-719.)。这些事实使得长非编码RNA作为药物靶点无论在学术领域还是在药物制造工业领域都受到广泛关注。