[发明专利]猪背膘厚性状的分子标记及其应用

说明书

本发明属于家畜分子标记制备技术领域，具体涉及猪背膘厚性状的分子标记及其应用。克隆得到两个与猪背膘厚性状相关的分子标记。其中一个分子标记是ACOXL c.8C/T，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的290位碱基处发生一个等位基因突变(C/T)，该突变引起苏氨酸至异亮氨酸的改变。另一个分子标记是LMNA c.741G/C，在该序列的341位碱基处发生一个等位基因突变(G/C)，该突变引起谷氨酸至天冬氨酸的改变。本发明的分子标记可用于猪背膘厚相关性状的多态性检测。

技术领域

本发明属于家畜分子标记制备技术领域，具体涉及猪背膘厚性状的分子标记及其应用。本发明包括与猪背膘厚性状相关的ACOXL和LMNA基因变异位点的发现、检测方法及其在猪背膘厚性状中的应用。

背景技术

近年来，引进的种猪包括杜洛克、长白和大白占据了我国瘦肉猪市场，对于引进品种仍需要不断进行测定和选种，才能保持其优良特性不退化。生长性状和胴体性状一直是育种改良的目标性状，对于生长和胴体性状除了采取经典的BLUP育种方法进行改良外，近些年通过分子标记辅助选择实施早期选择也取得了一些进展。基于全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)的结果筛选候选基因，然后在不同的群体中验证其效应，为在不同群体中寻找有效的分子标记，实施分子标记辅助选择奠定基础。

背膘厚作为一个重要的胴体性状，与猪瘦肉率呈负相关，且遗传力高，又易于度量等特点，因此常被作为瘦肉率改良的一个间接性状被用于瘦肉猪的遗传改良中。同时探讨猪产肉性状的遗传基础,降低BFT也成为猪胴体性状遗传改良的研究重点。根据加拿大生猪改良中心(CCSI)的数据，从1994年到2014年中，100kg体重时的BFT在1994年为13.6mm，2014年为10.6mm，总共变薄了22％，年遗传进展为-0.2毫米/年；100kg体重日龄在1994年为166天，在2014年为147天，总共缩短了12％，年遗传进展为-1天/年。

类酰基辅酶A氧化酶基因(acyl-coenzyme A oxidase-like，ACOXL)编码类酰基辅酶A氧化酶，是酰基辅酶A氧化酶家族成员之一，最早是Cooper等于1969年在蓖麻籽胚乳中发现蛋白(Cooper T,Beevers H.βoxidation in glyoxysomes from castor beanendosperm.Journal of biological chemistry.1969,244:3514-3520)。Sandra等人研究非裔美国人的II型糖尿病时，通过全基因组扫描II型糖尿病5个染色体区域的易感基因发现ACOXL可能是一个II型糖尿病关联的候选基因，并且ACOXL参与脂类代谢(Hasstedt SJ,Highland HM,Elbein SC,Hanis CL,Das SK.Five linkage regions each harbormultiple type 2diabetes genes in the African American subset of the GENNIDStudy.Journal of human genetics.2013,58:378-383)。Suneel等用1433头大白猪进行全基因组关联分析，在SSC3上找到与第十肋骨处的背膘厚相关联的区域MARC0085867-ALGA0018683，并且在该区域把ACOXL作为关联背膘厚的候选基因(Onteru SK,Gorbach DM,Young JM,Garrick DJ,Dekkers JC,Rothschild MF.Whole genome association studiesof residual feed intake and related traits in the pig.PloS one.2013,8:e61756)。