[发明专利]与芝麻黑色种皮基因紧密连锁的SSR分子标记及应用

说明书

技术领域

本发明属于分子标记领域，具体涉及与芝麻黑色种皮基因紧密连锁的SSR分子标记及应用。

背景技术

芝麻(Sesamum indicum L.)隶属于胡麻科胡麻属，是一种古老的油料作物，栽培历史在5000年以上。目前，广泛分布在南纬40度至北纬45度之间，集中于亚洲和非洲的热带、亚热带地区。它作为一种营养丰富、功能性强、保健效果好的贵重油料深受人们喜爱。芝麻油不饱和脂肪酸含量高达85％，富含抗氧化、抗癌、降血脂的芝麻素，被誉为“油料皇后”。

芝麻种皮颜色主要是白色和黑色，白芝麻含油量高适合油用，黑芝麻含油量稍低，适合食用。黑芝麻除了含有大量的脂肪外，还含有大量有益于人体健康的黑色素、蛋白质、氨基酸、维生素、微量元素和芝麻酚等，具有较高的营养保健功效和药用价值。因此，阐述芝麻种皮颜色的遗传基础和分子机理有利于黑芝麻品种的选育。

连锁分析主要是基于基因数据、表型数据通过统计学的方法去判断感兴趣的基因位点与已知的标记位点间的相对位置，重组率是连锁分析的重要参数。常规连锁分析群体是运用有限亲本的人工控制授粉群体，因此其经过有限次数的重组，通常基于有限亲本，其等位基因的个数也有限。关联分析是基于自然变异群体，利用连锁不平衡规律来研究遗传变异与目标性状相关的研究方法，与传统QTL定位相比，关联分析不需要构建作图群体、广度大、精度高、能检测到同一位点多个等位基因。但由于群体背景复杂，存在亚群结构，导致易产生假阳性，而且自然群体的连锁衰减较快，因此在群体里想找到足够的变异，需要高密度的分子标记。关联分析结合连锁分析，可以发挥两者的优势，提高定位中的阳性率及精度，提高复杂数量性状的挖掘效率。

发明内容

本发明的一个目的在于提供与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记。

本发明的另一个目的在于提供与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记的引物。

本发明的再一个发明目的在于提供与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记的引物的应用。

为解决上述技术问题，本发明采用的技术方案如下：

一个与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记，命名为ZMM4056，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记ZMM4056引物，引物序列为：

ZMM4056F：5’-GCAGAAGGGTCAATATCGGA-3’

ZMM4056R：5’-ATCCAAACCCCAGAAAATCC-3’

一个与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记，命名为ZMM4067，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记ZMM4067引物，引物序列为：

ZMM4067F：5’-GCTTAAACTTGGTTGTCGGG-3’

ZMM4067R：5’-AAACCCTATCATTTCTTTGCCA-3’

与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记鉴定方法，其特征在于：用ZMM4056扩增芝麻叶片总DNA，其中黑色种皮芝麻品种DNA的扩增片段大小为266bp，白色种皮芝麻品种DNA扩增片段大小为258bp。

与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记鉴定方法，其特征在于：用ZMM4067扩增芝麻叶片总DNA，其中黑色种皮芝麻品种DNA的扩增片段大小为144bp，白色种皮芝麻品种DNA扩增片段大小为136bp。

一种与芝麻黑色种皮基因SiPPO紧密连锁的SSR分子标记的筛选获得方法，包括如下步骤：

(1)从国家芝麻中期库保存的7910份国内外资源中根据产量相关性状的表型、地理来源和遗传多样性检测结果，采取逐级取样策略，选取了705份芝麻材料进行重测序分析；

(2)利用Illumina Hiseq2500测序平台，用2×76双末端测序法对705份芝麻材料进行低覆盖度的全基因组重测序，获得了2.6倍覆盖的基因组序列；