[发明专利]一种与牙鲆数量性状相关的SNP标记、其筛选方法及应用

说明书

本发明提供了一种与牙鲆数量性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用。通过候选基因关联分析法，对MSTN基因中SNP与牙鲆数量性状进行关联分析，获得了一个与数量性状相关的SNP标记，所述SNP标记可用于牙鲆标记辅助选育，缩短育种周期。

技术领域

本发明属于水产养殖中的筛选技术领域，具体涉及一种与牙鲆数量性状相关的SNP标记、其筛选方法及应用。

背景技术

牙鲆(Paralichthys olivaceus)，又名偏口、左口、左偏、牙片等，隶属于鲽形目(Pleuronectiformes)，牙鲆科(Bothidae)，牙鲆属，主要分布在俄罗斯远东地区、日本、韩国和我国沿海，属于土著种类。它个体大，生长快，味道鲜美，深受东亚各国的青睐。

体重、体长等数量性状一直以来都是鱼类育种的主要选育性状。肌肉生长抑制素基因(Myostatin，MSTN)作为与肌肉生长相关的候选基因成为各种动物育种研究的热点。该基因又称为生长分化因子-8(GDF-8),属于转化生长因子β(Transforming growth factor-β，TGF-β)家族，是肌肉细胞生长的负调控因子。1997年美国John Hopkins大学医学院的McPherron等在研究转化生长因子β(TGF-β)时，在小鼠的骨骼肌细胞中发现并首次扩增出该基因的cDNA。研究表明，敲除MSTN基因的小鼠肌肉是正常野生型小鼠的2～3倍，且肌肉的脂肪含量也比较低。通过转基因技术和RNAi技术抑制斑马鱼的MSTN基因发现试验鱼的肌肉明显比正常鱼发达，因此认为该基因在动物肌肉生长发育中起重要的抑制作用，也可能参与脂肪生成的调节。近年来的一些研究还发现鱼类的MSTN基因可以在除肌肉外的多个组织中表达，如脑、肠、鳃、肾、性腺等,还有可能影响其他组织的发育。由于MSTN在遗传育种上的潜在应用价值,自其被发现以来，一直备受科研工作者的广泛关注，目前，已克隆得到多种鱼类的MSTN基因，如斑马鱼、虹鳟、大口黑鲈、眼斑拟石首鱼、大黄鱼、加州鲈、鲤鱼、日本牙鲆、斑点叉尾鮰等。人们期望通过对该基因的控制来增加肌肉产量。

鉴于MSTN在水产养殖中潜在的应用前景，本发明对牙鲆鱼的MSTN基因在进行重测序，筛查SNP，与数量性状进行关联分析，确定与数量性状相关的SNP标记，标记可用于牙鲆分子标记辅助选育。

发明内容

为了解决现有技术存在的上述问题，本发明提供了一种与牙鲆数量性状相关的SNP标记、其筛选方法及应用。通过候选基因关联分析法，对MSTN基因中SNP与牙鲆数量性状进行关联分析，获得了一个与数量性状相关的SNP标记，所述SNP标记可用于牙鲆标记辅助选育，缩短育种周期。

本发明所采用的技术方案为：一种与牙鲆数量性状相关的SNP标记，所述SNP标记包括：SNP1标记、SNP2标记和SNP3标记，所述SNP标记位于MSTN基因上，所述MSTN基因具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列；

所述SNP1标记位于MSTN基因第2个内含子第741bp位置，其碱基为C或T；

所述SNP2标记位于MSTN基因第3个外显子第30bp位置，其碱基为C或T；

所述SNP3标记位于MSTN基因3’UTR第330bp位置，其碱基为C或A。

本发明还提供了一种上述的MSTN基因的扩增方法，其特征在于，使用第一引物组和第二引物组从所述MSTN基因中裁剪出MSTN2片段和MSTN3片段，所述SNP1标记和SNP2标记位于所述MSTN2片段上，所述SNP3标记位于所述MSTN3片段上；所述第一引物组包括第一上游引物和第一下游引物，所述第二引物组包括第二上游引物和第一下游引物；第一上游引物的序列如SEQ ID NO：2所示，第一下游引物的序列如SEQ ID NO：3所示，第二上游引物的序列如SEQ ID NO：4所示，第二下游引物的序列如SEQ ID NO：5所示。

其中，SEQ ID NO：2的序列为GTGAATAGTGTGGGTGCATGC；