[发明专利]鉴定西瓜籽粒大小的InDel分子标记及其引物和应用

权利要求书

1.一种鉴定西瓜籽粒大小的InDel分子标记，其核苷酸序列为：TAGCAAGAGCGTTACTACTTCAACTAAAAATATCCATTTCATTTTA。

2.一种权利要求1所述InDel分子标记的引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列为：

InDel14_S6F：TGGTTGTTTCTTTTAGGTGGTA；

InDel14_S6R：AGCGATTATGAGCAATTTTA。

3.一种权利要求1所述InDel分子标记的筛选方法，包括以下步骤：

（1）利用大粒母本和小粒父本杂交的F₂群体构建高密度的遗传连锁图谱，并对父母本、F₁和F₂群体的单株进行千粒重表型鉴定；

（2）结合遗传连锁图谱和表型鉴定结果，进行QTL初定位，在6号连锁群鉴定到一个千粒重主效QTL位点；

（3）结合两个亲本的重测序，在QTL区间查找插入缺失片段大于35bp的InDels，为了缩小候选基因的区域，将QTL区域划分为2段，根据位于端点位置的插入缺失开发InDel分子标记，设计对应的InDel引物；

（4）利用对应的InDel引物在父母本、F₁筛选多态性，利用多态性引物对F₂群体进行基因型鉴定；

（5）把所鉴定的千粒重主效QTL位点视为一个形态学标记，加上InDel分子标记的基因型鉴定结果和鉴定到QTL位点的连锁群上其它SNP标记，利用JoinMap4.0进行图谱构建，分析所鉴定的千粒重主效QTL位点与新开发标记的连锁程度。

4.权利要求1所述InDel分子标记或权利要求2所述引物在西瓜籽粒大小的分子标记辅助选择中的应用。

5.权利要求1所述InDel分子标记在西瓜籽粒大小的分子标记辅助选择中的应用方法，包括如下步骤：

（1）对F₂群体和重组自交系群体每个株系利用所述分子标记进行基因型鉴定；

（2） 利用上述（1）中重组自交系群体和F₂群体的基因型鉴定结果，根据分子标记的基因型对不同单株进行分类，并利用千粒重表型数据进行鉴定和验证。

6.权利要求1所述InDel分子标记或权利要求2所述引物在西瓜籽粒大小基因图位克隆中的应用。