[发明专利]水稻籽粒镉含量相关基因LCd-11的SNP分子标记的应用

说明书

本发明公开了水稻籽粒镉含量相关基因LCd‑11的SNP分子标记的应用。该应用具体可为TagSNP‑846037在鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量中的应用；所述TagSNP‑846037是水稻基因组的一个SNP位点，TagSNP‑846037位于水稻第3号染色体上SEQ ID No.1的第361位核苷酸，其为A或T。实验证明，95％的基因型TT的水稻品种中籽粒镉含量均低于0.2mg/kg，96％的基因型AA的水稻品种的水稻籽粒镉含量均高于0.2mg/kg，说明本发明的TagSNP‑846037是水稻籽粒镉含量相关的SNP分子标记。

技术领域

本发明涉及生物技术领域中水稻籽粒镉含量相关基因的SNP分子标记的应用，特别涉及水稻籽粒镉含量相关基因LCd-11的SNP分子标记的应用。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，约有一半以上的人口以稻米为主食。农田重金属污染是当今世界面临的重大环境问题,受到各界广泛关注。重金属污染具有复杂隐蔽性、危害持久性,尤其可能通过食物链的富集作用危及人类健康。其中镉是对环境毒性最大的重金属元素之一,对水稻等粮食作物的安全生产构成严重威胁。

镉对有机体有极强的毒害作用，尤其在人类身体中，其半排出周期长达30年，长期摄取被镉污染的稻米，会增加患肺癌、肾脏和肝脏疾病以及‘痛痛病’的几率

目前我国约有27.86万hm²受镉污染，其中稻田土壤将近1.33万hm²。在镉污染耕地中有5-10％的面积产量严重受影响，并且所产粮食均不宜食用。粮食作物的安全问题与人类健康息息相关，但镉污染农田治理周期长难度大，因此，如何在不浪费现有农田的基础上，生产出安全的粮食作物显得尤为重要。

发明内容

本发明所要解决的一个技术问题是如何鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量。

为了解决以上技术问题，本发明提供了以下技术方案：

A1、TagSNP-846037在鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量中的应用；所述TagSNP-846037是水稻基因组的一个SNP位点，TagSNP-846037位于水稻第3号染色体上SEQ ID No.1的第361位核苷酸，其为A或T。

A2、检测水稻基因组中TagSNP-846037的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量产品中的应用；所述TagSNP-846037是水稻基因组的一个SNP位点，TagSNP-846037位于水稻第3号染色体上SEQ ID No.1的第361位核苷酸，其为A或T。

A3、鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量的方法，包括检测待测水稻基因型，根据待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量：AA基因型的待测水稻籽粒镉含量高于TT基因型的待测水稻籽粒镉含量；AA基因型是水稻基因组中所述TagSNP-846037为A的纯合型，TT基因型是水稻基因组中所述TagSNP-846037为T的纯合型。

上述应用中，SEQ ID No.1由391个核苷酸组成，SEQ ID No.1对应于日本晴水稻第3号染色体第845677-846067位，SEQ ID No.1的第361位核苷酸为A或T。

上述应用中，所述检测水稻基因组中TagSNP-846037的多态性或基因型具体可为检测水稻基因组中TagSNP-846037的核苷酸种类。所述水稻基因组中TagSNP-846037的基因型是TT、AA或AT。所述TT是TagSNP-846037为T的纯合型，所述AA是TagSNP-846037为A的纯合型，所述AT是TagSNP-846037为T和A的杂合型。