[发明专利]一种用MspI检测人胃癌易感基因IL-1RN多态性rs9005的方法

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种用MspI检测人胃癌易感基因IL-1RN多态性 rs9005的方法。

背景技术

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单 个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占 所有已知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对 中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。CAPs(cleavedamplificationpolymorphism sequence-taggedsites)CAPs技术又称为PCR-RFLP，限制性片段长度多态性聚合酶链反应 (PCR-RFLP)技术。PCR-RFLP的基本原理是用PCR扩增目的DNA，扩增产物再用特异 性内切酶消化切割成不同大小片段，直接在凝胶电泳上分辨。不同等位基因的限制性酶切 位点分布不同，产生不同长度的DNA片段条带。此项技术大大提高了目的DNA的含量和 相对特异性，而且方法简便，分型时间短。这种方法与RFLP相比，不同的是以扩增替代 了酶切，避免了RFLP繁琐的DNA酶切、转移、杂交等步骤。

全世界范围内，胃癌仍然是发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一。胃癌的发生是一个 多步骤，多因素，多阶段，多种机制共同作用的结果，包括基因因素，生物因素以及多种 环境危险因素。尽管近年来胃癌的死亡率已有显著的下降，但胃癌的五年生存率依旧很低。 炎症反应与肿瘤关系的研究一直是相关学者关注的热点，大量研究结果表明胃部幽门螺杆 菌感染与胃慢性炎症关系密切。幽门螺杆菌感染与免疫系统的细胞因子尤其是白介素家族 显著相关。越来越多的研究结果表明炎性细胞因子，如IL-1，IL-1R1以及TNF-α可以显 著地影响胃癌的易感性。因此，研究胃癌基因遗传多样性很有必要。作为一类重要的细胞 因子，IL-1家族基因可参与广泛的生理过程，其中一个重要的角色是调节急性以及慢性炎 症性疾病。IL-1在启动和增强对幽门螺杆菌感染的反应方面起着关键作用，同时也发挥着 非常强的抑制胃酸分泌作用，而长期的抑制胃酸分泌作用是导致胃粘膜萎缩等癌前病变的 主要原因。许多研究发现IL-1基因家族的基因多态性与胃癌易感性相关。近年来IL-1RN 在肿瘤领域的研究取得了较大进展，但其在胃癌领域的研究开展相对较少，因此将一定功 能相关的IL-1RN位点多态性与胃癌结合起来可以更好的探讨其对胃癌形成过程的作用， 揭示其与胃癌发生的关联性进而探讨其中的具体分子机制。

序列特异性引物PCR也称等位基因特异性PCR(AS-PCR)，它的原理是基于TaqDNA 多聚酶不能修复DNA引物在3′末端的单个碱基错配。所以，当引物的3′端核苷酸与等位 基因变异部位序列互补，则模板被扩增。但是，当引物3′端核苷酸与模板错配，则模板不 会被扩增或扩增效率极低。每个等位基因的检测，需设计两套引物，一套为等位基因特异 性引物，一套为普通引物。PCR产物凝胶电泳以后，DNA的存在与否通过紫外线透射来 检测，DNA条带的存在或缺失即可确定基因型。在同一反应中的另一对引物(通常扩增人 生长激素基因的一段)总会产生一个DNA片断，与HPA基因型无关，作为PCR有效性的 控制。基因特异性PCR(AS-PCR)的缺点是扩增效率较低，扩增特异性差，因此PCR产 物的特异性与稳定性无法保障，同时，分型结果也较容易误判，稳定性较差。