[发明专利]一种用MspI鉴定人HOTAIR基因多态性rs920778的方法

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种用MspI鉴定人HOTAIR基因多态性rs920778的方法。

背景技术

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括剪辑的置换/插入和缺失等形式。SNP是人类可遗传的变异中最常见的一种,现已广泛用于简单和复杂疾病的遗传连锁分析/关联分析及疾病易感基因的定位,指导易感基因克隆.较常见的单碱基多态性位点的检测方法包括聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP),三引物等位基因扩增法(TP-PCR)和测序等方法。这些方法虽各有优点,但也各有其不足之处。

PCR-RFLP是一种快速,简便,准确的检测SNP基因型的经典方法.其原理是:限制性内切酶是一类识别DNA特异位点(通常4-6bp),并在特异位点进行切割的酶类。酶切位点的特异性意味着对特定等位基因的完全消化会产生同样的片段序列。而碱基的置换，插入和缺失可以产生或消除一个特定酶切位点，从而改变酶切后产生片段的大小和数目。这些酶切片段带型的不同称为限制性片段长度多态性。如果SNP产生和消除了某个限制性内切酶位点，则可以通过对PCR产物进行酶切、电泳加以检测。改方法的优点在于快速简单，终点判断准确。但其主要缺点在于酶切位点的选择，要求待测多态性位点和某一酶切位点相关。酶的选择具有局限性，并不是所有的SNP位点都可以用这种方法来鉴别，且部分内切酶价格昂贵，实验成本高。三引物等位基因扩增法(TP-PCR)一种不需要限制性内切酶和连接酶的重组DNA方法。反应体系中有2种模板和3种引物,从而在同一个反应体系中产生一个重组DNA分子。这种方法的主要优点是快速，不依赖连接片段的限制酶位点。但其缺点是扩增效率低，扩增特异性差，无法保证PCR产物的特异性和稳定性，分型结果易造成误判。Taqman荧光探针法是一种新型高效准确的基因分型方法，其优点是检测灵敏度高，分型准确。但该方法需要昂贵的仪器和较长的步骤,成本较高。

人同源异型盒(HOX)基因座的反义RNA(HOXantisenseintergenicRNA，HOTAIR)位于人类染色体12q13.13，长约2.2kb.越来越多的证据表明HOTAIR与原发性乳腺癌的转移和预后密切相关。HOTAIR可通过募集核心蛋白复合体(Polycombrepressivecomplex2，PRC2)连接到同源异型盆位点(homeboxD，hoxD)，引起组蛋白H3赖氨酸(27位)甲基化，导致肿瘤转移相关连接黏附分子2(junctionaladhesionmolecule2，JAM2)、人原钙黏素1(protocadherinl，PCDHl)等多个肿瘤抑制基因沉默，促进肿瘤的转移³.

rs920778位于人HOTAIR的2号内含子上(美国国立卫生研究院国立医学图书馆生物信息技术中心，http://www.ncbi.nlm.nih.gov)。通常该多态在人群中存在三种HOTAIR基因的基因型：CC型(人基因组rs920778多态位点的两个等位基因碱基均为C)，CT型(人基因组rs920778多态位点的两个等位基因碱基分别为C和T)和TT型(人基因组rs920778多态位点的两个等位基因碱基均为T)。

目前人HOTAIR基因多态rs920778的鉴定长采用PCR-RFLP方法。目前鉴定人HOTAIR基因多态rs920778时常使用的限制性内切酶价格昂贵(关于部分内切酶的参考价格可参考后面的表1)，实验成本高，难以在实验室中普及使用。

因此，本领域存在对操作简单，成本低，使用范围广的新型检测SNP方法的需求。本领域迫切需要在节约实验成本的前提下，通过PCR-RFLP技术的改进，来开发经济、快速的检测人HOTAIRrs920778基因多态性的试剂盒。

发明内容

为了克服现有技术中存在的缺陷，本发明提供一种用MspI鉴定人HOTAIR基因多态性rs920778的方法，通过创造酶切位点法(CreatedRestrictionSitePCR,CRS-PCR)，应用引物3’端错配技术,在PCR产物进行酶切电泳后进行基因型的鉴定，从而提供一种操作简单、成本低、适用范围广泛的检测人HOTAIR多态性rs920778的方法及检测试剂盒。

其技术方案如下：

一种用MspI鉴定人HOTAIR基因多态性rs920778的方法，包括以下步骤：