[发明专利]鉴定肿瘤特异性新抗原的组合物和方法

说明书

本申请是2011年5月16日提交的题为“鉴定肿瘤特异性新抗原的组合物和方法”的 国家申请号为201180034398.5(PCT/US2011/036665)的发明专利申请的分案申请。

相关申请

本申请要求于2010年5月14日提交的美国临时申请号61/334,866的利益，所述申请整 体引入本文作为参考。

技术领域

本发明一般涉及肿瘤特异性新抗原的鉴定和这些新抗原生产癌症疫苗的用途。

背景技术

肿瘤疫苗一般由肿瘤抗原和免疫刺激分子(例如细胞因子或TLR配体)组成，其一起工 作以诱导识别且裂解肿瘤细胞的抗原特异性细胞毒性T细胞(CTLs)。在这时，几乎所有疫苗 都含有共享的肿瘤抗原或全肿瘤细胞制剂(Gilboa，1999)。共享的肿瘤抗原是跨越许多个 体在肿瘤中具有选择性表达的免疫原性蛋白质，并且通常作为合成肽或重组蛋白质递送给 患者(Boon等人，2006)。相比之下，全肿瘤细胞制剂作为自体被照射细胞、细胞裂解产物、细 胞融合物、热休克蛋白质制剂或总mRNA递送给患者(Parmiani等人，2007)。因为全肿瘤细胞 从自体患者中分离，所以细胞表达患者特异性肿瘤抗原以及共享的肿瘤抗原。最后，存在第 三类肿瘤抗原，由于鉴定其的技术困难，其已罕见地用于疫苗中(Sensi等人2006)。这个种 类由具有肿瘤特异性突变的蛋白质组成，所述肿瘤特异性突变导致改变的氨基酸序列。此 类突变的蛋白质具有下述潜力：(a)独特地标记肿瘤(相对于非肿瘤细胞)用于由免疫系统 识别且破坏(Lennerz等人，2005)；(b)避免中枢和有时外周T细胞耐受，并且因此由更有效 的高亲合力T细胞受体识别(Gotter等人，2004)。

因此，存在鉴定作为肿瘤疫苗有用的新表位的方法的需要。

发明内容

本发明部分涉及鉴定能够引发肿瘤特异性T细胞应答的肽的方法。

在一个方面，本发明提供了通过鉴定具有癌症的受试者的表达基因中的肿瘤特异 性突变来鉴定新抗原的方法。在一些方面，当突变是点突变时，该方法进一步包括鉴定具有 该突变的突变型肽。优选地，突变型肽以大于野生型肽的亲和力结合I类HLA蛋白质，并且具 有小于500nm的IC50；在其他方面，当突变是剪接位点、移码、连读或基因融合突变时，该方 法进一步包括鉴定由该突变编码的突变型多肽。优选地，突变型多肽结合I类HLA蛋白质。

任选地，该方法进一步包括选择激活抗肿瘤CD8T细胞的肽或多肽。

突变型肽或多肽优选以大于野生型肽的亲和力结合I类HLA蛋白质，并且具有小于 500nm的IC50。优选地，该肽或多肽具有小于250nm的IC50。更优选地，该肽或多肽具有小于 100nm的IC50。最优选地，该肽或多肽具有小于50nm的IC50。

突变型肽长度为约8-10个氨基酸。在另一个方面，长度为约8-50个氨基酸。例如， 突变型肽长度大于10个氨基酸、长度大于15个氨基酸、长度大于20个氨基酸、长度大于30个 氨基酸。优选地，突变型肽长度为约24-40个氨基酸。

在进一步方面，本发明提供了通过施用根据本发明的方法鉴定的一种或多种肽或 多肽和佐剂，在受试者中诱导肿瘤特异性免疫应答的方法。佐剂是例如基于TLR的佐剂或基 于矿物油的佐剂。在一些方面，该肽或多肽和基于TLR的佐剂由基于矿物油的佐剂乳化。任 选地，该方法进一步包括施用抗免疫抑制剂例如抗CTLA-4抗体、抗PD1抗体、抗PD-L1抗体、 抗CD25抗体或IDO的抑制剂。

在另外一个方面，本发明提供了通过给受试者施用自体树突细胞或抗原呈递细胞 (其已用根据本发明的方法鉴定的一种或多种肽或多肽脉冲)，在受试者中诱导肿瘤特异性 免疫应答的方法。任选地，该方法进一步包括施用佐剂，例如基于TLR的佐剂或基于矿物油 的佐剂。在一些方面，该肽或多肽和基于TLR的佐剂由基于矿物油的佐剂乳化。在一些实施 方案中，该方法进一步包括施用抗免疫抑制剂。抗免疫抑制剂包括例如抗CTLA-4抗体、抗 PD1抗体、抗PD-L1抗体、抗CD25抗体或IDO的抑制剂。