[发明专利]用于核酸作图和鉴定核酸中的精细结构变化的方法

说明书

本申请为分案申请，原申请的申请日为2009年7月9日，申请号为 200980135935.8(PCT/CN2009/000777)，发明名称为“用于核酸作图和 鉴定核酸中的精细结构变化的方法”。

相关申请的交叉引用

本申请要求基于以下申请的优先权：提交于2006年1月4日的美国 专利申请号60/756,417；提交于2006年4月17日的美国专利申请号 60/792,926；提交于2006年6月15日的美国专利申请号60/814,378；提 交于2008年7月10日的美国专利申请号61/129,660；提交于2008年12月 1日的美国专利申请号61/193,442；提交于2007年1月3日的美国专利申 请号11/649,587；以及提交于2007年12月12日的美国专利申请号 11/954,947，所述申请都通过引用以其整体结合于本文中。

发明领域

总体而言，本发明涉及用于高通量分析核酸中的精细结构变化的 方法。具体而言，本发明涉及产生连接的核酸标签对的新策略、载体 和其它组分，其中连接的核酸标签对的组成成员具有用户定义的间隔 距离和/或为核酸位置的标记，其沿着靶核酸分子的长度划分一种或多 种不同限制性内切核酸酶的相邻切割位点。在一个优选的实施方案 中，将本发明用于鉴定可与表型相关的基因组改变或标记物。在另一 个优选的实施方案中，将本发明用于产生高分辨率的基因组图谱以有 助于从鸟枪DNA测序中进行基因组组装。

发明背景

尽管最丰富且研究最深入的人类基因组变体类型是单核苷酸多 态性(SNP)，但日益清楚的是，包括拷贝数(插入、缺失和重复)改变、 倒位、易位和其它序列重排在内的所谓“精细结构变化”为人类基因 组和其它基因组的整体特征。这些类型的变化似乎比原先认为的更频 繁地存在于一般群体中。建立的证据表明，结构变体可在各个个体中 包含上百万具有异质性的核苷酸。理解精细结构变化在基因组进化、 与环境的相互作用、表型多样性和疾病中的作用是当前基因组研究中 最活跃的研究领域之一。关于综述，参见Feuk等(2006)、Redon等 (2006)、Check(2005)、Cheng等(2005)和Bailey等(2002)。

与SNP分析相比，用于分析精细结构变化的有效高通量方法还 没有被充分开发。重要的第一步是阵列比较基因组杂交(阵列CGH)技 术(Pinkel等,1998；Pinkel等,美国专利第5,830,645号和第6,159,685 号)，该技术能够定量靶DNA与参比DNA之间的相对拷贝数。阵列 CGH允许以单个排列的细菌人工染色体(BAC)克隆水平的分辨率，可 靠地检测DNA样品之间的脱氧核糖核酸(DNA)拷贝数差异(Snijders 等,2001；Albertson等,2000；Pinkel等,1998)。针对cDNA(Heiskanen 等,2000；Pollack等,1999)和高密度寡核苷酸阵列平台(Bignell等, 2004；Brennan等,2004；Hung等,2004；Lucito等,2003)修改阵列CGH 进一步扩展了该方法的分辨率和应用性。通过其应用，阵列CGH已 实现鉴定与肿瘤(Pinkel和Albertson,2005；Inazawa等,2004； Albertson和Pinkel,2003；Pollack等,2002)和疾病进展(Gonzalez等, 2005)相关的基因拷贝数变化。

1.F粘粒配对末端作图