[发明专利]减少细菌中接合型质粒

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2008年3月10日提交的美国申请第61/035,304号的优 先权。

发明领域

本发明提供方法和组合物，以减少见于包括细菌感染的微生物菌落 中的各种质粒的数量上(numerical)或质量上(mass)的量，并且本发明包括 用于菌落处理的组合物、方法以及用于鉴定其他此类组合物的方法。在 多种实施方案中，本发明提供显著地减少携带于靶细菌培养物中的抗生 素抗性标记的流行。

发明背景

细菌是普遍存在的并且见于之前被认为不适于居住的环境中。它们 是常见的且生态学多样的，并且发现对于生存不寻常的和共同的生态位。 它们遍布于环境存在，并且存在于土壤、灰尘、水以及几乎所有天然表 面上。许多是正常的和有益的细菌株，其提供与宿主的协同关系。其他 的不是这样有益的，或在特定条件下伴随益处造成问题。

致病细菌可以在人类、其他动物以及植物中导致感染性疾病或明显 症状。一些细菌只可以影响特定宿主；其他的在许多宿主中导致问题， 这取决于细菌的宿主特异性。其他的在某些情况下可以是无害的或休眠 的，并且在其他环境或情况下可以作为问题出现。无论是细菌单独或联 合导致的疾病，都几乎与细菌本身一样的多样并且包括食物中毒、蛀牙、 炭疽、普通感染性疾病以及甚至某些类型的癌症。这些临床问题通常是 临床微生物学领域的主题。

细菌是某些病毒的天然靶标，所述病毒例如噬菌体(bacteriophage)或 噬菌体(phage)。噬菌体已在其天然宿主上进化并且具有非常快的复制和 进化速率。噬菌体可以利用其宿主生理学或生物学所表现出的最小的易 损性(vulnerability)。同样地，噬菌体结构、生理学和要素的适当利用应当 对于最小化或控制细菌导致的问题是有用的。

某些细菌通常是无害的，在合适的机会存在时变为致病的或在被引 入异常位置或环境时变为可导致问题的。此外，某些细菌组合共同进化 并且可以协同运作以补充在菌落个体成员中缺乏的功能。但是，例如在 多细胞生物体中，存在许多各种各样的机制来处理不同量的细菌激发， 细菌培养物的完全根除通常不是必需的。在许多情况下，细菌群体的不 完全根除会降低感染的作用，以允许系统通过例如免疫系统的可选机制 来解决问题。

统计上，感染性疾病是主要的医学问题。参见，例如Watstein和 Jovanovic(2003)StatisticalHandbookonInfectiousDiseases(感染性疾病 统计手册)Greenwood,ISBN:1573563757。在美国，每年大约40-70K的 死亡来自于医院(医院来源的)血流感染。

特别是，在过去的半个世纪，抗生素使临床医学产生革命性变化。 自从抗生素现象的最初发现，作用机制和这类突出的治疗实体的开发得 到了巨大的进展。参见，例如Therrien和Levesque(2000)FEMSMicrobiol. Rev.24:251-62；Durgess(1999)Chest115(3Suppl):19S-23S；Medeiros(1997) Clin.Infect.Dis.24(Suppl1):S19-45；Jones(1996)Am.J.Med. 100(6A):3S-12S；Ford和Hait(1993)Cytotechnology12:171-212；以及Liu (1992)Compr.Ther.18:35-42。2002年，抗生素具有约$320亿的世界范围 的销售额。