[发明专利]估计DNA芯片探针-靶亲和性的方法和制造DNA芯片的方法

权利要求书

1.一种估计第一DNA链或“探针”与第二DNA链或“靶”杂交以形成长度为L_bp的杂交体的亲和性φ的方法，所述方法包括：

在杂交体的一组M个分区的每一分区内，计数一组P个DNA链杂交体的每一杂交体存在于所述分区中的次数，所述DNA链杂交体长度为k，小于长度L_bp，称为“k-杂交体”；

对于长度为L_bp的杂交体中一组L个错配对的每一错配对，确定错配对是否存在于所述杂交体中；和

根据以下关系式计算亲和性φ：

该表达式中：

是当一组P个k-杂交体中第p个k-杂交体存在于所述分区的第m个区域时，定量此第p个k-杂交体对亲和性φ的贡献的预定标量，且x_m,p是此第p个k-杂交体在所述分区第m个区域中被计数的次数；和

α是实数项。

2.如权利要求1所述的方法，其中

该表达式中是定量第l个错配对对亲和性φ的贡献的预定标量，如果第l个错配对存在于所述杂交体中，则y_l＝1，否则y_l＝0，π是实数。

3.如权利要求2所述的方法，其中π等于0。

4.如权利要求2所述的方法，其包括：

对于一组N个学习对的每一对，各包括能共同形成长度为L_bp的杂交体的第一和第二DNA链，集合一定量的所述对的第一DNA链和一定量的所述对的第二DNA链，并测量代表此集合后形成的DNA链杂交体的量的强度I_n，校准对的杂交体包括P个k-杂交体的组的每一k-杂交体至少一次；和

最小化所测强度的向量与所测强度的向量I的预测向量之间的距离D来计算向量向量和向量所述计算通过根据以下关系式解答优化问题来进行：

该表达式中：

Θ＝(θ₁…θ_n…θ_N)^T是的向量，其中θ_n是编码为第n个校准对而集合在一起的第一和/或第二DNA链的量的标量；

X_n＝(X_n,1…X_n,m…X_n,M)是的预定设计的行矩阵，其中X_n,m＝(x_n,m,1…x_n,m,p…x_n,m,P)是的行矩阵且x_n,m,p是对于由第n个校准对的第一和第二DNA链形成的杂交体，第p个k-杂交体存在于所述分区的第m个区域中的次数；

B＝(B₁…B_m…B_M)^T是的向量，其中B_m＝(β_m,1…β_m,p…β_m,P)^T是的向量，并且β_m,p是当P个k-杂交体的组的第p个k-杂交体存在于所述分区的第m个区域时，定量此第p个k-杂交体对长度为L_bp的杂交体亲和性的贡献的标量；

Y_n＝(y_n,1…y_n,l…y_n,L)是的预定设计的行矩阵，其中如果第l个错配对存在于由第n个校准对的第一和第二DNA链形成的杂交体中，则y_n,l＝1；和

Δ＝(δ₁…δ_l…δ_L)^T是的向量，其中δ_l是定量第l个错配对对长度为L_bp的杂交体亲和性的贡献的标量。

5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其特征在于：

k-杂交体具有的长度k为2至7；和

所述分区的区域数M是2至25-k。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述区域数M是3至15。