[发明专利]改进IDA光谱输出用于数据库检索

说明书

相关申请的交叉参照

本申请要求2014年10月8日提交的美国临时专利申请第62/061,492号和2015年5月28日提交的美国临时专利申请第62/168,642号的权益；这两个临时专利申请的内容通过引用全文并入本文。

背景技术

信息依赖性分析(IDA)是一种柔性串联质谱法，其中使用者可以规定色谱操作期间用于产生产物离子光谱的标准。例如，在IDA方法中，进行前驱体或者质谱仪(MS)调查扫描以生成前驱体离子峰值列表。使用者可以选择标准来过滤峰值列表以获得峰值列表中的前驱体离子子集。然后，破碎前驱体离子的子集，并且在色谱操作期间重复获得产物离子光谱。

IDA是一种用于从肽片段中识别蛋白质或肽的有用技术。通常，对蛋白质或肽混合物进行IDA，从而针对所产生的肽片段产生多个产物离子光谱。然后将多个产物离子光谱中的每个光谱与蛋白质或肽数据库进行比较以识别混合物中的蛋白质或肽。

然而，令人遗憾的是，蛋白质或肽的识别可能受混合或卷积产物离子光谱不利影响。换言之，来自IDA方法中的产物离子光谱中的一些光谱可能包括来自多于一个前驱体离子的产物离子。结果，在将混合或卷积产物离子光谱与蛋白质或肽数据库进行比较时，可能找不到匹配物。

已经进行了一些尝试来解决混合或卷积产物离子光谱的这种问题，目的是改进蛋白质识别。在一种尝试中，基于多个前驱体离子的调查扫描证据，IDA方法包括破碎选定的初始前驱体离子2-3μ范围内的任何前驱体离子和收集来自不同前驱体离子的产物离子光谱。在另一种尝试中，使用微分迁移率分离(DMS)装置来分离进入质谱仪的真空之前的气相中的前驱体离子。

然而，令人遗憾的是，这些解决光谱卷积问题的尝试中没有一种被证明是应当被包括在大多数IDA方法中的有用尝试。结果，大多数蛋白质或肽识别方法继续“原样”比较来自IDA方法的产物离子光谱。

发明内容

公开了一种对产物离子光谱中的产物离子与卷积的前驱体离子进行分离的系统，所述产物离子光谱是从信息依赖性分析(IDA)质谱实验中收集。所述系统包括处理器。

所述处理器接收两个或两个以上产物离子光谱，所述产物离子光谱是在随时间分离变化的化合物分离的峰值曲线上中的两个或两个以上时间收集的两个或两个以上产物离子光谱。所述两个或两个以上产物离子光谱是如下通过以下方式产生的：利用分离装置随时间从样品中随时间变化分离化合物，并利用串联质谱仪在所述分离化合物的峰值中的两个或两个以上时间选定和破碎前驱体离子。在所述处理器将所述两个或两个以上产物离子光谱的中，所述处理器将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子强度进行比较。所述处理器识别至少两个不同图案，所述不同图案描述了所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度变化。所述处理器根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子分成至少两个不同组。所述处理器将所述至少两个不同组的每个组中的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱中的峰值组合，从而针对仅包括每个组的产物离子峰值的至少两个不同组的每个组产生组合的产物离子光谱。

公开了一种对产物离子光谱中的产物离子与卷积的前驱体离子进行分离的方法，所述产物离子光谱是从IDA质谱实验中收集。利用处理器接收两个或两个以上产物离子光谱，所述产物离子光谱是在随时间分离的化合物的峰值曲线中的两个或两个以上时间收集。所述两个或两个以上产物离子光谱如下产生：利用分离装置随时间从样品中分离化合物，并利用串联质谱仪在所述分离化合物的峰值中的两个或两个以上时间破碎前驱体离子。在所述两个或两个以上产物离子光谱中，利用所述处理器比较存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子强度。利用所述处理器识别至少两个不同图案，所述不同图案描述了所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度变化。利用所述处理器根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的所述产物离子分成至少两个不同组。利用所述处理器所述至少两个不同组的每个组的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱中的峰值组合，从而针对仅包括所述每个组的产物离子峰值的所述至少两个不同组的每个组产生组合的产物离子光谱。