[发明专利]针对化疗靶标的SRM测定

说明书

本申请要求2014年7月1日提交的临时申请62/019,830的优先权，其内容通过引用全文纳入本文。

引言

人们使用一批杀伤正在生长和分裂的细胞并以多种方式发挥功能的治疗剂来治疗癌症。常见的化疗剂集合已被单独或联合使用了数十年，且该常见的试剂集合已成为临床肿瘤学实践中传统且常规的癌症治疗手段。这些传统的化疗剂通过杀伤所有快速分裂的细胞来发挥作用，快速分裂是大多数癌细胞的主要特性之一。这类试剂包括直接损伤DNA的烷化剂；阻止微管形成的紫杉烷；干扰DNA和RNA复制的抗代谢物；干扰DNA复制所涉及酶的蒽环类药物(抗肿瘤抗生素)；阻止DNA复制的拓扑异构酶抑制剂；阻止酶生成细胞繁殖所需蛋白质的衍生自天然产物的生物碱和其他化合物；导致DNA交联以抑制DNA复制和/或DNA合成的基于铂的药物。这些化疗剂类别是基于其抑制癌细胞生长的基本功能原创性开发的，而对其靶向作用模式知之甚少。由于他们不是为特异性靶向和直接抑制已知蛋白质而开发的，这些试剂在历史书并未被视作“靶向”癌症治疗剂。然而，自其开发开始，这些试剂类别中的每一个的生物化学功能是熟知的且其每一个均被发现对于特定的蛋白质、酶或核酸具有“靶向”作用。这些化疗剂的“靶标”也是熟知的且因此基于某一给定癌症中是否存在这些特异性“靶标”来选择针对该癌症的最有效的化疗剂。该实施方式描述了测试患者来源的生物样品中是否存在这些化疗生物标志物的特定方法。

当一个或多个特异性靶蛋白质给出哪一种或多种化疗剂应用于治疗癌症以抑制癌生长的指标时，癌症疗法的靶向方法是最有利的。该实施方式提供了用于一种或多种SRM/MRM测定的肽和肽序列，这些测定用于定量确定直接在来自癌症患者的患者来源的生物样品中表达、过表达或不表达的化疗蛋白质指标，用于改进的针对癌症疗法的治疗决定。

发明内容

提供了来源于以下蛋白质的亚序列的特定肽：ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1和TOPO2A。ENT1也称为平衡型核苷转运蛋白1且在本文中称作ENT1。ERCC1也称为DNA切除修复蛋白质ERCC-1且在本文中称作ERCC1。FOLR1也称为叶酸受体α且在本文中称作FOLR1。RRM1也称为核糖核苷二磷酸还原酶大亚基且在本文中称作RRM1。TUBB3也称为微管蛋白β-3链蛋白质且在本文中称作TUBB3。TOPO1也称为DNA拓扑异构酶1且在本文中称作TOPO1。TOPO2A也称为DNA拓扑异构酶2α且在本文中称作TOPO2A。

各种来源于蛋白质的肽的肽序列和碎片/过渡离子可具体用于基于质谱的选择性反应监测(SRM)中，其也称为多反应监测(MRM)测定，且在后文中称作SRM/MRM。描述了用于ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1和TOPO2A蛋白质及其同种型的定量SRM/MRM分析的肽的用途。

可使用一种或多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种，或五种或六种SRM/MRM测定来测量来自ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1和/或TOPO2A蛋白质的一种或多种特异性肽的相对或绝对定量水平，并由此提供通过质谱测量从生物样品中获得的给定蛋白质制备物中每一种那些蛋白质的总量的方法。所有或一部分来自那些蛋白质的可用肽也可在单个SRM/MRM测定中同时分析或可在单个SRM/MRM测定的任意组合中分析。各肽提供了通过质谱测量获自生物样品的给定蛋白质制备物中各相应蛋白质总量的潜在方法。

更具体地，本发明所述SRM/MRM测定可直接测量由从诸如福尔马林固定的癌症患者组织的患者组织样品(例如，切除的肿瘤和活检切片)取得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中的那些肽。由福尔马林固定的组织制备蛋白质样品的方法描述在美国专利第7,473,532号中，其内容通过引用全文纳入本文。该专利描述的方法可使用获自表达病理学公司(Expression Pathology Inc.)(马里兰州罗克维尔)的Liquid Tissue试剂和方案方便地进行。