[发明专利]DNA混合物中的组织甲基化模式分析

权利要求书

1.计算机可读介质，其包括多个能被计算机系统执行的指令，所述指令在被执行时能控制所述计算机系统执行一种分析生物体的生物样品的方法，所述生物样品包括来自M个组织类型的游离DNA分子的混合物，所述M个组织类型包括第一组织类型，所述方法包含：

通过计算机系统分析来自所述生物样品的多个游离DNA分子，所述多个游离DNA分子是至少1,000个游离DNA分子，其中分析游离DNA分子包括：

鉴定所述游离DNA分子在对应于所述生物体的参考基因组中的位置；

鉴定第一组所述多个游离DNA分子，其各自位于对应于所述生物体的所述参考基因组的第一染色体区域的N个基因组位点中的任一个，N是大于或等于10的整数；

使用所述第一组多个游离DNA分子测量所述N个基因组位点的N个第一混合甲基化水平；

通过所述计算机系统，使用由所述N个第一混合甲基化水平和M个组织类型在N个基因组位点的已知组织特异性甲基化水平创建的线性方程式体系的解卷积，测定所述第一组织类型在所述混合物中的第一贡献率，M是大于二的整数，N大于或等于M；

鉴定第二组所述多个游离DNA分子，其各自位于对应于所述生物体的所述参考基因组的第二染色体区域的K个基因组位点中的任一个，K是大于或等于10的整数，K大于或等于M，其中所述第二染色体区域不同于所述第一染色体区域，并且其中所述第二染色体区域不展现任何失常或者具有与所述第一染色体区域相反的失常；

使用所述第二组多个游离DNA分子测量所述K个基因组位点的K个第二混合甲基化水平；

使用所述K个第二混合甲基化水平和M个组织类型在 K个基因组位点的已知组织特异性甲基化水平创建的线性方程式体系的解卷积，测定所述第一组织类型在所述混合物中的第二贡献率；

计算所述第一贡献率与所述第二贡献率之间的第一分离值；以及

对所述第一分离值与阈值进行比较，以确定所述第一组织类型的所述第一染色体区域是否具有拷贝数失常的分类，其中所述阈值使用具有拷贝数失常或没有拷贝数失常的一个或多个样品来确定。

2.根据权利要求1所述的计算机可读介质，其中测量所述N个基因组位点的N个第一混合甲基化水平包括分析甲基化感知测序结果，且其中所述多个游离DNA分子的位置是使用所述甲基化感知测序结果测定。

3.根据权利要求1所述的计算机可读介质，其中所述生物体怀有胎儿，其中所述第一组织类型是胎盘组织，所述方法进一步包含：

检测所述胎儿在基于所述分类的所述第一染色体区域中是否具有非整倍性。

4.根据权利要求1所述的计算机可读介质，其中所述生物体怀有胎儿，且其中所述第一组织类型不是胎盘组织。

5.根据权利要求1所述的计算机可读介质，其中所述分类是当所述第一分离值超过所述阈值时，所述第一组织类型的所述第一染色体区域具有所述拷贝数失常。

6.根据权利要求5所述的计算机可读介质，所述方法进一步包含：

计算所述第一组织类型的多个分离值，所述多个分离值中的每一个对应于不同染色体区域；以及

测定具有超过所述阈值的相应分离值的不同染色体区域的数目。

7.根据权利要求6所述的计算机可读介质，所述方法进一步包含：

基于具有超过阈值的相应分离值的不同染色体区域的数目来确定所述第一组织类型的所述第一染色体区域是否具有所述拷贝数失常的分类。

8.根据权利要求7所述的计算机可读介质，其中当所述不同染色体区域的数目超过截止值时，所述第一组织类型的所述第一染色体区域经测定具有所述拷贝数失常。

9.根据权利要求8所述的计算机可读介质,其中所述阈值取决于所述截止值。

10.根据权利要求6所述的计算机可读介质，其中所述多个分离值中的每一个是使用所述第二贡献率计算。